Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,498,305 T→C A220A (GCT→GCC)  gldA → glycerol dehydrogenase, NAD

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,498,3050TC100.0% 163.8 / NA 87A220A (GCT→GCC) gldAglycerol dehydrogenase, NAD
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/87);  total (0/87)

CTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCTGCCGAACAGCATGT  >  W3110S.gb/3498258‑3498319
                                               |              
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCTAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:30507/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAGAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:19446/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:56548/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:64921/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:63970/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:60166/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:5958/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:57927/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:57509/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:57141/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:66680/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:55112/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:50559/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:50024/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:48485/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:1035/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:47067/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:46807/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:46776/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:46641/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:81780/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:9541/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:9540/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:87252/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:86362/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:85474/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:84390/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:82520/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:82240/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:47514/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:80963/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:80616/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:75450/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:74680/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:72904/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:72395/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:69858/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:68573/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:19380/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:29887/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:29830/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:2775/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:25067/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:24243/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:23929/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:23666/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:22164/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:44926/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:19092/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:18916/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:18313/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:1371/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:13384/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:12637/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:12100/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:45304/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:37538/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:30495/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:38149/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:38386/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:38863/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:36173/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:35017/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:4036/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:34457/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:43169/62‑1 (MQ=255)
cTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:3166/62‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGTTGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:52146/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:85367/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:84919/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:14833/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:8628/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:46904/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:78745/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:81301/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:75501/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:74880/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:72573/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:72561/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:34869/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:28776/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:66622/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:30651/61‑1 (MQ=255)
 tgtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCGTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:53785/61‑1 (MQ=255)
  gtgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:69256/60‑1 (MQ=255)
   tgCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:13372/59‑1 (MQ=255)
               ctgctgGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCCGCCGAACAGCATGt  <  1:26623/47‑1 (MQ=255)
                                               |              
CTGTGCTACAACACCCTGCTGGAAGAAGGCGAAAAAGCGATGCTTGCTGCCGAACAGCATGT  >  W3110S.gb/3498258‑3498319

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A