Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R1
|
826 |
0.0 |
88706 |
74.7% |
66263 |
57.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,794,101 |
A→G |
V284V (GTA→GTG) |
uhpT → |
hexose phosphate transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,794,101 | 0 | A | G | 100.0%
| 56.7
/ NA
| 31 | V284V (GTA→GTG) | uhpT | hexose phosphate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (0/31); total (0/31) |
AACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCC > W3110S.gb/3794051‑3794111
|
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATGGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:81263/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTTGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:46390/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAAGCGTGTATGCGTTcc < 1:17715/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGttac < 1:13190/61‑3 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:42492/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:88683/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:81063/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:80561/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:7865/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:78262/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:7733/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:65110/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:62745/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:58338/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:51775/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:46378/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:4426/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:39494/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:39439/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:3898/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:33739/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:32424/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:29564/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:26943/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:24569/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:23350/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:17424/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:15881/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:14504/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTCCTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:13209/61‑1 (MQ=255)
aaCATTTTACTCTATGTGGTGCGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTGTATGCGTTcc < 1:70305/61‑1 (MQ=255)
|
AACATTTTCCTCTATGTGGTACGTATTGGTATCGACCAGTGGTCAACCGTATACGCGTTCC > W3110S.gb/3794051‑3794111
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
