Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,851,693 C→T G208G (GGG→GGA)  yibQ ← predicted polysaccharide deacetylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,851,6930CT100.0% 219.8 / NA 121G208G (GGG→GGA) yibQpredicted polysaccharide deacetylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/121);  total (0/121)

Only 100 of 121 total aligned reads displayed.

GCAGGGTGAGGATGCCCAATGGCAATGGTCGAACCGTTGCGACGCGCCAGGTCAATTGCGCG  >  W3110S.gb/3851679‑3851740
              |                                               
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:21612/60‑1 (MQ=255)
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gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:76093/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:33097/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:39331/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:40730/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:30048/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:28429/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:4323/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:26352/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:69777/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:83489/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:10090/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:55183/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:53950/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:50639/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:63265/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:86208/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:5364/60‑1 (MQ=255)
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gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGGATTGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:2509/60‑1 (MQ=255)
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gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:57092/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:38412/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:71208/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:39041/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:59598/60‑1 (MQ=255)
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gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:49908/60‑1 (MQ=255)
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gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:65685/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:79533/60‑1 (MQ=255)
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gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:84168/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:20346/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:86797/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:87848/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:7904/60‑1 (MQ=255)
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gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:74284/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:82684/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:67864/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:68534/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:68765/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:70653/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:77115/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:76673/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:49667/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:1936/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:31406/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:30790/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:26581/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:26456/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:23314/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:21526/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:2104/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:20331/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:19639/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:31654/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:18540/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:17663/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:17587/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:16940/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:14720/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:14382/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:14013/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:13422/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:13032/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:46461/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:52057/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:49426/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:46537/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:53346/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:46173/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:44540/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:44446/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:3892/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:35152/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:33285/60‑1 (MQ=255)
gaaGGGTGAGGATATACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGTCGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:68343/60‑1 (MQ=255)
 aaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:41115/60‑1 (MQ=255)
 aaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:6805/60‑1 (MQ=255)
 aaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:37014/60‑1 (MQ=255)
 aaGGGTGAGTATGTCCAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:49433/60‑1 (MQ=255)
 aaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:4804/60‑1 (MQ=255)
 aaGGGTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:65193/60‑1 (MQ=255)
     gTGAGGATGTACAATGGCAATGGTTGAACCGTTGCGACGTGCCAGGTCAATTGcgcg  <  1:66611/57‑1 (MQ=255)
              |                                               
GCAGGGTGAGGATGCCCAATGGCAATGGTCGAACCGTTGCGACGCGCCAGGTCAATTGCGCG  >  W3110S.gb/3851679‑3851740

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A