Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,908,564 G→A I241I (ATC→ATT)  xylF ← D‑xylose transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,908,5640GA100.0% 144.9 / NA 81I241I (ATC→ATT) xylFD‑xylose transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (81/0);  total (81/0)

GATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGA  >  W3110S.gb/3908545‑3908606
                   |                                          
gaTCCGCATCCTGTCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:13295/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAGTTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:11550/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTg                            >  1:39087/1‑36 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCt    >  1:16412/1‑60 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTg   >  1:56063/1‑61 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTg   >  1:72708/1‑61 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTg   >  1:54805/1‑61 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:68065/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:74851/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:71349/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:7106/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:69667/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:69549/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:69422/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:68623/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:60569/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:67831/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:66572/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:6600/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:64433/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:64236/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:63467/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:63061/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:611/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:8127/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:9406/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:87748/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:86306/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:85189/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:8505/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:84361/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:82743/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:81589/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:81431/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:71728/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:80815/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:7867/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:77062/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:76428/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:76119/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:75561/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:75175/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:53124/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:25186/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:56023/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:34476/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:34271/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:33457/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:32818/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:31197/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:29549/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:29454/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:36645/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:23773/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:20871/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:19122/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:18348/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:17283/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:139/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:1386/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:11154/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:39633/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:10832/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:50744/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:5013/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:4921/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:48919/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:46323/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:45843/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:45160/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:44890/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:44147/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:43913/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:41717/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:41174/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:40870/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:40656/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:40571/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:39496/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTCCGCGCTTAATGCCTGa  >  1:75073/1‑62 (MQ=255)
gaTCCGCATCCTGGCCGGAAATTGCTACTATCCCTGATAAACCt                    >  1:26977/1‑44 (MQ=38)
                   |                                          
GATCCGCATCCTGGCCGGAGATTGCTACTTTCCCTGATAAACCTTGCGCGCTTAATGCCTGA  >  W3110S.gb/3908545‑3908606

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A