Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,094,741 A→G N18N (AAT→AAC)  gntY ← predicted gluconate transport associated protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,094,7410AG100.0% 154.9 / NA 79N18N (AAT→AAC) gntYpredicted gluconate transport associated protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/79);  total (0/79)

ATTTGTGTCCCTTCTTCCTGATTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGA  >  W3110S.gb/4094721‑4094782
                    |                                         
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCTCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:7917/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:66604/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:75102/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:7508/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:73747/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:73364/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:69821/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:68945/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:68054/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:67573/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:76720/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:6536/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:65344/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:64986/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:64230/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:63044/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:59986/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:10444/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:59236/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:80597/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:9980/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:924/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:88066/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:87830/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:86933/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:84593/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:82079/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:809/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:76362/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:80296/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:8009/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:79521/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:78244/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:77462/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:77087/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:77012/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:59874/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:2884/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:39615/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:38890/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:37866/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:36266/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:32595/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:31476/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:31094/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:29673/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:58310/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:27991/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:2694/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:26684/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:2554/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:16017/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:15047/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:14951/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:12780/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:42908/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:58883/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:57579/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:57064/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:56738/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:56679/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:56391/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:53972/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:53717/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:53557/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:50201/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:48760/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:47106/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:43733/62‑1 (MQ=255)
aTTTGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:40642/62‑1 (MQ=255)
 tttGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCATTTTGGCTAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:12258/61‑1 (MQ=255)
 tttGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:65747/61‑1 (MQ=255)
 tttGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:28741/61‑1 (MQ=255)
 tttGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:56347/61‑1 (MQ=255)
 tttGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:80902/61‑1 (MQ=255)
 tttGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:84886/61‑1 (MQ=255)
 tttGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:37396/61‑1 (MQ=255)
 tttGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:8811/61‑1 (MQ=255)
  ttGTGTCCCTTCTTCCTGGTTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGa  <  1:68650/60‑1 (MQ=255)
                    |                                         
ATTTGTGTCCCTTCTTCCTGATTTGCCAGCAGTTTGGCAAAGTGCGCTTGTGCAGCATCGGA  >  W3110S.gb/4094721‑4094782

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A