Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,341,154 G→A G186G (GGC→GGT)  adiC ← arginine:agmatin

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,341,1540GA100.0% 163.1 / NA 97G186G (GGC→GGT) adiCarginine:agmatin
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (97/0);  total (97/0)

AGGTGCCCAGGCCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGGAACCAGAACCA  >  W3110S.gb/4341144‑4341204
          |                                                  
aGGTGCCCTGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:35600/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCTCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:50855/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTGCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:42062/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCTATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:66739/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCata                            >  1:27752/1‑35 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGttt                     >  1:74031/1‑42 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGttt                     >  1:66711/1‑42 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGttt                     >  1:76835/1‑42 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGttt                     >  1:42606/1‑42 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTcacca                >  1:2586/1‑47 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTcac                  >  1:79465/1‑45 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTc                    >  1:8641/1‑43 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgatccagaacca  >  1:16260/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacta  >  1:28917/1‑59 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:66647/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:66038/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:66089/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:67449/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:66894/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:71847/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:65954/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:65280/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:64626/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:61923/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:61355/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:60914/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:60822/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:58052/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:55226/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:55111/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:78230/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:9000/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:88128/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:87324/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:8578/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:85746/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:84653/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:82764/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:82310/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:78728/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:78305/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:67759/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:7786/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:76713/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:75665/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:74806/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:74726/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:74619/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:48786/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:71260/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:68137/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:68073/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:24262/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:32996/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:30079/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:29354/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:28984/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:27756/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:27428/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:27371/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:2647/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:24445/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:2429/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:33048/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:22863/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:21950/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:21782/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:18377/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:18154/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:17611/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:1507/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:15036/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:14996/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:13784/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:38751/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:54762/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:53108/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:13283/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:46867/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:46074/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:45972/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:45947/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:42650/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:42066/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:41028/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:40285/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:5481/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:38183/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:37753/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:36264/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:34829/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:33836/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:33616/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:33524/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:33095/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAGACCGCTGACGATCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:6940/1‑61 (MQ=255)
aGGTGCCCAAACCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGgaaccagaacca  >  1:3129/1‑61 (MQ=255)
          |                                                  
AGGTGCCCAGGCCGCTGACGTTCCATGCCGCCATATAGGTTTCACCACGGAACCAGAACCA  >  W3110S.gb/4341144‑4341204

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A