Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,458,405 C→A I47I (ATC→ATA)  yjfF → predicted sugar transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,458,4050CA100.0% 192.7 / NA 102I47I (ATC→ATA) yjfFpredicted sugar transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (0/102);  total (0/102)

Only 100 of 102 total aligned reads displayed.

CGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGG  >  W3110S.gb/4458384‑4458443
                     |                                      
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCTCCGTTGTCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:84356/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCTGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:66836/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:56549/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:67319/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:66426/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:66276/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:65352/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:63564/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:62504/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:6184/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:61331/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:60122/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:58679/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:57285/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:68521/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:55567/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:54529/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:53863/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:53268/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:5282/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:52561/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:52275/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:5177/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:50951/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:10033/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:7984/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:9104/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:8922/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:88674/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:88266/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:8680/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:8647/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:83909/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:83711/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:83463/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:8342/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:80372/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:67667/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:79492/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:78615/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:7399/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:73336/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:7307/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:71564/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:71413/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:71023/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:68893/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:68684/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:50192/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:16754/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:30528/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:49499/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:27551/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:25675/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:24613/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:21486/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:21246/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:20720/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:19502/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:17999/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:17075/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:27814/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:15933/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:14953/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:14320/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:14305/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:13172/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:12998/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:12860/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:12849/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:12830/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:12563/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:10888/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:38556/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:4895/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:4873/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:48614/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:46931/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:46910/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:46483/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:43830/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:43006/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:42996/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:41856/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:40523/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:31580/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:37145/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:35706/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:34602/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:33489/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:33296/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:33155/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:33038/60‑1 (MQ=255)
cGATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:33017/60‑1 (MQ=255)
cGATAATCCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:8118/60‑1 (MQ=255)
cGACAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:2660/60‑1 (MQ=255)
 gATAATGCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCTGTgg  <  1:25596/59‑1 (MQ=255)
       gCCTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:33919/53‑1 (MQ=255)
         cTTTCTTGGGATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:8721/51‑1 (MQ=255)
                 ggATAATCGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCCGGTgg  <  1:33577/43‑1 (MQ=37)
                     |                                      
CGATAATGCCTTTCTTGGGATCATTGCCGTTGGCATGACCTTTGTGATCCTCTCAGGTGG  >  W3110S.gb/4458384‑4458443

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A