Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,621,920 G→A intergenic (‑173/‑85) yjjI ← / → deoC conserved hypothetical protein/2‑deoxyribose‑5‑phosphate aldolase, NAD(P)‑linked

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,621,9200GA100.0% 158.7 / NA 87intergenic (‑173/‑85)yjjI/deoCconserved hypothetical protein/2‑deoxyribose‑5‑phosphate aldolase, NAD(P)‑linked
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (87/0);  total (87/0)

CTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTGTATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGT  >  W3110S.gb/4621890‑4621947
                              |                           
cTTGTGAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:80035/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAgtgtgt                >  1:48968/1‑44 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGAt    >  1:56642/1‑56 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:75475/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:75586/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:73967/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:71155/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:71034/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:69448/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:69150/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:6800/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:67793/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:67725/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:67491/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:66287/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:65955/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:65115/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:63994/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:63219/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:62077/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:61943/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:6192/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:61595/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:80501/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:9846/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:87111/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:87008/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:84234/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:841/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:82522/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:82141/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:81481/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:81217/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:80861/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:5989/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:79789/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:79493/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:79098/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:78905/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:78335/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:7810/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:76776/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:76416/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:75873/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:22950/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:34078/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:3380/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:33641/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:31428/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:30789/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:30389/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:29636/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:29135/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:27010/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:26781/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:35842/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:22532/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:20765/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:16958/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:1622/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:16064/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:15309/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:14754/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:13576/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:13183/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:10855/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:4853/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:1009/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:59355/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:58422/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:56861/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:52506/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:52238/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:51744/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:51689/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:51416/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:48750/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:60425/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:45275/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:44844/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:42223/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:42168/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:40711/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:4053/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:37263/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGt  >  1:36196/1‑58 (MQ=255)
cTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTATATCGAAGTGTGTT‑CGGAGTAGATGt  >  1:74756/1‑57 (MQ=255)
                              |                           
CTTGTAAGTAGATTTCCTTAATTGTGATGTGTATCGAAGTGTGTTGCGGAGTAGATGT  >  W3110S.gb/4621890‑4621947

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A