Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A5 F28 I3 R1	375	42.1	2927644	71.4%	2090337	57.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,104,810	A→G	P41P (CCA→CCG)	csgA →	cryptic curlin major subunit

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,104,810	0	A	G	97.1%	223.0 / ‑2.6	69	P41P (CCA→CCG)	csgA	cryptic curlin major subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (0/67); total (2/67)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01

TTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGT > W3110S.gb/1104752‑1104835

ttgttCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAAt                        >  1:1633292/1‑62 (MQ=255)

ttgttCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAAt                        >  1:2128723/1‑62 (MQ=255)

                        gcaaCGACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2090109/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCTGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:573867/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2830016/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2847893/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:281338/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2752724/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2722887/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2709156/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2653797/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2632864/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2608904/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2539605/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2472228/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2436056/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2422855/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2419008/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2390777/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:571393/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:970462/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:937419/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:842343/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:761587/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:735561/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:728515/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:65698/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:612154/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2311389/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:551604/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:446978/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:425678/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:393580/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:374398/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:288845/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2885792/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1551253/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1100662/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1174740/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1176953/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1204845/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1244381/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:128293/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1337555/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1344428/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1357283/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1397910/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1429178/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1431012/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1440367/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1460828/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1495301/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1557710/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1100321/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:230202/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2297999/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2297837/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2277221/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2212612/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:206594/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1969000/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1807009/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1805666/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1590591/58‑1 (MQ=255)

                        gcaaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2334961/58‑1 (MQ=255)

                         caaCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1851382/58‑1 (MQ=255)

                           aCCACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:2080639/57‑1 (MQ=255)

                             cACGGTGGTGGCGGTAATAACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTACCAGt  <  1:1157135/55‑1 (MQ=255)

                                ggtggtGGCGGTAATTACAGCGGTCCGAATTCAGAGCTGAATATTTAGCAGt  <  1:2630975/52‑1 (MQ=255)

TTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGT > W3110S.gb/1104752‑1104835

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A