Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R1 375 42.1 2927644 71.4% 2090337 57.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,528,184 C→A V416V (GTG→GTT)  xapB ← xanthosine transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,528,1840CA81.7% 211.2 / 43.1 104V416V (GTG→GTT) xapBxanthosine transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (19/0);  new base A (85/0);  total (104/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 104 total aligned reads displayed.

GAGCCGCGAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATATTTAA  >  W3110S.gb/2528160‑2528227
                        |                                           
gagcCGCGAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATtat        >  1:2450781/1‑62 (MQ=255)
gagcCGCGAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATtat        >  1:2554818/1‑62 (MQ=255)
gagcCGCGAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATtat        >  1:2802025/1‑62 (MQ=255)
gagcCGCGAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATtat        >  1:1948764/1‑62 (MQ=255)
gagcCGCGAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTAGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATtat        >  1:1449487/1‑62 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGCTGCTTTATCTTTTAAGGGTCATGATTATAttt    >  1:1963887/1‑61 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:956817/1‑52 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATAtttt   >  1:2244351/1‑61 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATAttt    >  1:737341/1‑61 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATAttt    >  1:1203596/1‑61 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATAttt    >  1:432482/1‑61 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATATTTa   >  1:573333/1‑62 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATATTTa   >  1:2026406/1‑62 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATATTTa   >  1:56219/1‑62 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATATTTa   >  1:2789608/1‑62 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATATTTa   >  1:21775/1‑62 (MQ=255)
     gcgAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGA‑TATATTTaa  >  1:144452/1‑62 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCa               >  1:1353614/1‑48 (MQ=19)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCa               >  1:2731249/1‑48 (MQ=19)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCAt              >  1:2047810/1‑49 (MQ=19)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2596673/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:252843/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2538083/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2547524/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2386962/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2764035/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2760717/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:925705/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2758263/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2614988/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2706623/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:873039/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2668767/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2660494/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2642001/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2496826/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2641869/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:365364/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:719608/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:632752/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:618760/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:562363/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:514869/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:48592/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:47934/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:479136/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:477219/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2834725/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:361228/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:360765/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:359643/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:336976/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2926487/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:880497/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:911358/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:290611/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1546935/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1859617/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1817116/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1793606/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1782614/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1770846/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1690151/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1688744/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1630360/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1625816/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1548974/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1892590/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1495041/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1401541/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1388821/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1388083/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1381079/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:136399/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1283916/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1224636/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1181710/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1124995/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2243902/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:243501/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2416975/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2407870/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1035236/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2330263/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2309392/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2309276/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2293207/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2284408/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2250274/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2444135/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2219034/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:221199/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2157406/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2057602/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:2018210/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1997431/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1987163/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1982124/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1943730/1‑50 (MQ=255)
       gAATCCTTTTAATGTGTAACTGAACGATGCGTTATCTTTTCAGGGTCATg             >  1:1914361/1‑50 (MQ=255)
                        |                                           
GAGCCGCGAATCCTTTTAATGAGTCACCGCTCGATGCTTTATCTTTTCAGGGTCATGATTATATTTAA  >  W3110S.gb/2528160‑2528227

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A