Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R1 375 42.1 2927644 71.4% 2090337 57.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,172,607 A→G Y482Y (TAT→TAC)  parE ← DNA topoisomerase IV, subunit B

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,172,6070AG90.6% 234.1 / 11.1 85Y482Y (TAT→TAC) parEDNA topoisomerase IV, subunit B
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (8/0);  new base G (77/0);  total (85/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01

ATACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGCTA  >  W3110S.gb/3172593‑3172656
              |                                                 
aTACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGc    >  1:984328/1‑62 (MQ=255)
aTACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGc    >  1:2631150/1‑62 (MQ=255)
aTACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGc    >  1:2376494/1‑62 (MQ=255)
aTACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGc    >  1:32644/1‑62 (MQ=255)
aTACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGc    >  1:630844/1‑62 (MQ=255)
aTACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGc    >  1:1579996/1‑62 (MQ=255)
aTACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGc    >  1:1373573/1‑62 (MQ=255)
aTACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGc    >  1:977448/1‑62 (MQ=255)
  aaaGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCt   >  1:2481310/3‑61 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAATTCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:700741/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAAtcgtcg                           >  1:2543034/1‑37 (MQ=25)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTg                        >  1:1238519/1‑40 (MQ=37)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAgg                   >  1:27312/1‑45 (MQ=37)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGAt             >  1:2501890/1‑51 (MQ=38)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATAGCGATAGCTa  >  1:1472919/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGAtag     >  1:802343/1‑57 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGAt       >  1:2264628/1‑57 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGc    >  1:80605/1‑60 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCtc  >  1:2763664/1‑61 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCt   >  1:1155642/1‑61 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCt   >  1:2793859/1‑61 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCt   >  1:1079781/1‑61 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCt   >  1:2382005/1‑61 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCt   >  1:1831174/1‑61 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCt   >  1:2034151/1‑61 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCt   >  1:891989/1‑61 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:394128/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2820254/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:287427/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2757604/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2747182/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2731885/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2677457/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2416829/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:289122/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:299206/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:305131/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:401949/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:441594/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:462507/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:521451/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:620572/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:626518/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:688773/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:962821/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:803877/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:949397/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:807638/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:831475/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:894987/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1363018/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1836935/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1800122/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1694778/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1637220/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1624938/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1493023/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:141562/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1385001/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1889149/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1362110/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1340082/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1339396/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1213002/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1170478/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1111780/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1034701/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:224198/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2543326/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2542260/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2480366/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1020567/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2397228/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:238141/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:228026/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:226128/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2593779/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2238120/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:2153666/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:197589/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:197501/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1934910/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1920430/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATCTTGCCGTAACGAAGCTGGCTCAAATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATAGCTa  >  1:1894944/1‑62 (MQ=255)
  aCAGATATTGCCGTAACGAAGCTGGATCAAATAGTCGATGTCAGGATCGAt             >  1:1599496/1‑51 (MQ=255)
              |                                                 
ATACAGATTTTGCCATAACGAAGCTGGCTCAGATCGTCGCTGTCAGGATCGATACCGATCGCTA  >  W3110S.gb/3172593‑3172656

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A