Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R1 375 42.1 2927644 71.4% 2090337 57.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,210,493 C→T C33C (TGC→TGT)  yrdB → conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,210,4930CT99.0% 317.9 / ‑4.7 95C33C (TGC→TGT) yrdBconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (1/0);  new base T (94/0);  total (95/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01

Only 100 of 116 total aligned reads displayed.

GAATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGCGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCG  >  W3110S.gb/4210439‑4210522
                                                      |                             
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGggcg                            >  1:2420718/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:1491964/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:604771/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:2839944/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:631177/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:2428307/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:2432886/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:690856/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:587051/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:204650/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:789150/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:1034205/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:85373/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:860290/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:2521720/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:2087740/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:1129227/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGcgcg                            >  1:2623205/1‑58 (MQ=255)
gaATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGCGCGAtca                        >  1:1783975/1‑61 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACGTGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2653220/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGAtc                         >  1:948997/1‑39 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGagag              >  1:1429665/1‑50 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGt             >  1:2073105/1‑51 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGc        >  1:1885520/1‑56 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGc        >  1:1743808/1‑56 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2898307/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2837498/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2899300/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:302429/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:377759/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2854997/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2599766/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2764514/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2741728/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2694573/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2668570/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2494372/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:686455/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:991409/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:981334/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:9587/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:954668/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:868249/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:845730/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:814515/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:748793/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:738939/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:407792/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:682389/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:669363/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:664935/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:607162/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:577899/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:563209/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:495287/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:448634/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:421528/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1461130/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:187611/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1820224/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1799841/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1794546/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1791146/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:171114/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1689262/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1610918/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1610729/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1607275/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1880040/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1411997/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1411361/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1400710/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1378391/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1242725/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1233201/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1160881/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1099164/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1095576/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2313628/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2569519/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2545489/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:254127/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2505848/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2475866/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2466186/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2436658/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2327785/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2314778/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2584999/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2309945/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:224812/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2222125/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2202373/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2095427/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2042952/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:2018217/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1959854/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1940413/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:1927105/1‑62 (MQ=255)
                      cccGCTCTCGTGAATGGTATGCAACCGACATGTGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCg  >  1:934097/1‑62 (MQ=255)
                                                      |                             
GAATAAAAAATGTGTATGTTTTCCCGCTCTCGTGAATGGTATGCAACTGACATGCGCGATCTCTGGCGAGAGTCTGGCGTATCG  >  W3110S.gb/4210439‑4210522

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A