Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R1
|
375 |
42.1 |
2927644 |
71.4% |
2090337 |
57.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,458,772 |
T→C |
L170L (TTG→CTG) |
yjfF → |
predicted sugar transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,458,772 | 0 | T | C | 75.0%
| 137.8
/ 43.3
| 80 | L170L (TTG→CTG) | yjfF | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/13); new base C (0/60); total (7/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTT > W3110S.gb/4458714‑4458819
|
aaGCCTTGCGT‑GAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1547962/60‑1 (MQ=255)
tccTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2326231/58‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCTGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:1639475/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2649294/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2818451/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1881524/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1946947/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1994534/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:281771/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2054738/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2782223/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2709889/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2180244/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1767002/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2645664/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2227532/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2579624/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2559285/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2314349/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2447039/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2361246/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2367818/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2373973/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:885021/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1687202/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1508820/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:820537/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1354395/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1337873/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:365097/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:49782/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:739405/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:721196/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1215011/59‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:588483/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:880477/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:630443/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:614781/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:59028/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:2585461/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:2334788/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:2888819/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:2882084/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:288111/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:108317/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:2309356/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:2288537/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:2218993/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:1133757/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:1261265/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:1175797/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:1858525/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:2140971/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:1203439/61‑1 (MQ=255)
gCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGGCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1666199/59‑1 (MQ=255)
gCCTAGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:305677/59‑1 (MQ=255)
ccTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1080219/58‑1 (MQ=255)
ccTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:1191412/58‑1 (MQ=255)
ccTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTGGc < 1:1487463/60‑1 (MQ=255)
gCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:644059/1‑62 (MQ=255)
gCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:1088089/1‑62 (MQ=255)
gCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:2437513/1‑62 (MQ=255)
gCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:496423/1‑62 (MQ=255)
gCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:451237/1‑62 (MQ=255)
gCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:410048/1‑62 (MQ=255)
gCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggtgg > 1:1747258/1‑61 (MQ=255)
gTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGCTg < 1:2188104/52‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGGGCATCGTACCCGtttt < 1:1077062/62‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCTtttt < 1:2142977/62‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:369570/62‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:1242829/62‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:2729512/62‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:72880/62‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:1130569/62‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:867542/62‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:2393343/62‑1 (MQ=255)
tGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTAGCGCATCGTACCCGtttt < 1:2194441/62‑1 (MQ=255)
gggACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:19956/61‑1 (MQ=255)
gggACCGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:2579814/61‑1 (MQ=255)
gctgATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt < 1:1313996/55‑1 (MQ=255)
|
AAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTT > W3110S.gb/4458714‑4458819
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
