Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I2 R1 52 300.6 3297834 97.8% 3225281 57.7

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,385,252 A→G R103R (CGT→CGC)  metE ← 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine S‑methyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,385,2520AG100.0% 314.2 / NA 82R103R (CGT→CGC) metE5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine S‑methyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (82/0);  total (82/0)

GCCGCCGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCACGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATCTA  >  minE/2385226‑2385289
                          |                                     
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAAt                         >  1:3135442/1‑41 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAgg               >  1:1019137/1‑51 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGatat     >  1:271766/1‑61 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2961854/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1014527/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2934341/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2895443/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2895234/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2890518/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2890028/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2842754/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2758192/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2712098/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2678348/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2652277/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2632037/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2515904/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2452821/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2447942/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2348692/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2334375/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2330711/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:541126/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:873019/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:78513/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:78441/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:695476/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:636063/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:630973/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:627778/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:603078/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:571787/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:3052245/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:53829/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:4268/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:419720/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:406939/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:392496/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:374113/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:326167/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:311517/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1398993/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1712596/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1678434/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1651459/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1638922/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1621615/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1578503/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1571276/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1531670/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1441604/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2313501/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1395795/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1358736/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1353426/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1339699/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1250965/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1221374/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:12194/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1134968/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1133924/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1719364/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2330164/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2303154/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2291837/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2263936/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2113532/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:199463/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1967129/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1948963/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1944077/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1937921/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1923901/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1867891/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1844495/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1841960/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1802097/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1762778/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1757775/1‑62 (MQ=255)
gccgccGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:1715216/1‑62 (MQ=255)
gccgcaGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATc    >  1:2571981/1‑62 (MQ=255)
  ggccgcAGGTTCGCCAGTCGGCGCGCGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATCTa  >  1:873965/2‑62 (MQ=255)
                          |                                     
GCCGCCGCAGGTTCGCCAGTCGGCGCACGTCCACGACCAATACGGAACAGGGTGTCGATATCTA  >  minE/2385226‑2385289

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A