Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I2 R1 52 300.6 3297834 97.8% 3225281 57.7

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,396,092 C→T G93G (GGC→GGT)  yigF → conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,396,0920CT100.0% 330.0 / NA 97G93G (GGC→GGT) yigFconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (56/41);  total (56/41)

TTGTTGGTGCACTAATTGGCGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAACACGAACAAAT  >  minE/2396073‑2396147
                   |                                                       
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGa                                          >  1:2212035/1‑35 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTagcagc                            >  1:333052/1‑49 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:471022/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2777125/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:3228737/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2122720/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2139031/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2141534/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2162499/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2163610/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2225345/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:503325/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2247700/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:501812/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2271085/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2829168/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2715030/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2317038/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:237137/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2425335/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2462164/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:463370/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:3238475/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2698305/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2585441/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:3260300/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2683319/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:724855/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:3168105/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:3017352/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1142577/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1148965/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1222319/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1263771/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1277594/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2961917/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1331289/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1391560/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1411657/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:835287/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:723882/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1586582/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:712449/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1605845/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2945192/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:2897570/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:3209420/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1821925/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1825584/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:563002/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1893636/1‑50 (MQ=255)
ttgttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:1898305/1‑50 (MQ=255)
ttgttaGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGcc                           >  1:111790/1‑50 (MQ=255)
  gttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGtt               >  1:2311333/1‑60 (MQ=255)
  gttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTaa             >  1:1645022/1‑62 (MQ=255)
  gttgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTaa             >  1:3047627/1‑62 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:333598/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:460341/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:549816/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:555146/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:559653/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:588062/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:600082/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:844867/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:890777/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:2480693/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:3167491/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:3037545/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:1325983/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:1447224/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:148778/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:1521689/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:1595532/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:1658742/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:1746256/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:188302/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:1983740/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:2241359/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:227044/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:2464573/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:2469721/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:1080198/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:3043662/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:3028497/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:2568215/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:268282/61‑1 (MQ=255)
    tgGTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:2709450/61‑1 (MQ=255)
     ggTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:68693/60‑1 (MQ=255)
     ggTGCACTAATTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:3024020/60‑1 (MQ=255)
        gCACTAATTGGTGTTAAGATTCTGGGAATTGCCGTATCAGCCTATGTTGCTGTTAac            <  1:230770/57‑1 (MQ=255)
             aaTTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAACACGAACAAAt  <  1:2762751/62‑1 (MQ=255)
             aaTTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAACACGAACAAAt  <  1:2897062/62‑1 (MQ=255)
             aaTTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAACACGAACAAAt  <  1:193097/62‑1 (MQ=255)
             aaTTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAACACGAACAAAt  <  1:1969979/62‑1 (MQ=255)
             aaTTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAACACGAACAAAt  <  1:1123652/62‑1 (MQ=255)
             aaTTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAACACGAACAAAt  <  1:99549/62‑1 (MQ=255)
              aTTGGTGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAACACGAACAAAt  <  1:734217/61‑1 (MQ=255)
                   |                                                       
TTGTTGGTGCACTAATTGGCGTTAACATTCTGGGAATTGCCGTAGCAGCCTATGTTGCTGTTAACACGAACAAAT  >  minE/2396073‑2396147

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A