Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I3 R1 26 437.0 1038814 65.5% 680423 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,376,834 G→A V518V (GTC→GTT)  ubiB ← 2‑octaprenylphenol hydroxylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,376,8340GA100.0% 261.5 / NA 77V518V (GTC→GTT) ubiB2‑octaprenylphenol hydroxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (77/0);  total (77/0)

CATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTGACCAACAAGAATGTGCCACTT  >  minE/2376795‑2376855
                                       |                     
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAAt           >  1:952610/1‑52 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCAcat  >  1:363553/1‑59 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:708838/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:832572/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:829241/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:828030/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:821623/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:811295/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:77677/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:75997/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:748987/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:626853/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:698760/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:688494/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:675949/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:662112/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:658699/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:650064/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:641277/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:617662/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:932976/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:999393/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:9897/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:978761/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:960828/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:950674/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:95040/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:940374/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:937099/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:835233/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:926426/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:923561/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:916677/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:913584/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:894409/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:876635/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:859971/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:843068/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:198642/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:1002222/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:388211/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:352798/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:3508/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:324611/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:270478/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:230264/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:225795/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:207316/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:395591/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:155763/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:152915/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:140899/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:12848/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:108169/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:102553/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:1024137/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:1008544/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:507643/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:613262/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:597062/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:592358/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:588192/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:583642/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:581165/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:544324/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:53847/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:442572/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:501225/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:499224/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:477603/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:471490/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:4606/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:45706/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACt   >  1:236876/1‑60 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACt   >  1:638430/1‑60 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATCTGCCACtt  >  1:263965/1‑61 (MQ=255)
cATTAACCAGCCGGGCATCAGCCACCATTCAGGTCGGCTAACCAACAAGAATGTGCCACtt  >  1:75111/1‑61 (MQ=255)
                                       |                     
CATTAACCAGCCGGGCATCAGCCCCCATTCAGGTCGGCTGACCAACAAGAATGTGCCACTT  >  minE/2376795‑2376855

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A