Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R2 90 19.5 1203533 67.3% 809977 57.3

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 649,288 A→G L656L (CTA→CTG)  pepN → aminopeptidase N

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE649,2880AG98.4% 432.0 / ‑2.0 121L656L (CTA→CTG) pepNaminopeptidase N
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  major base G (0/119);  minor base C (0/2);  total (0/121)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01

Only 100 of 121 total aligned reads displayed.

GACTGAACTGGCGGATGAGCTACTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCG  >  minE/649267‑649326
                     |                                      
tcttGAACTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:344262/57‑1 (MQ=255)
      agtGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCTAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:378600/52‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGTCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:829599/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:773725/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:793525/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:767082/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:765345/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:765342/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:759836/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:758231/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:757448/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:727561/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:723788/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:708422/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:688844/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:687511/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:675729/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:655024/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:642803/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:637220/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:635296/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:632138/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:624804/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:605431/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:556815/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1018211/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:889674/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:974428/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:973934/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:967835/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:966266/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:937163/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:936716/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:927986/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:914486/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:906164/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:898888/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:890527/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:555778/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:889119/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:874708/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:867002/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:856741/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:844744/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:82475/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:817640/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:812041/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:810851/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:804268/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:801658/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1167591/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:256024/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:24401/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:531465/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:177416/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:175906/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:157200/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:144883/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1203176/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1200071/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1191178/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1182956/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:193395/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1165681/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1165016/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1160436/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1144068/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1116375/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:107445/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1072464/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:105700/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1030135/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1029274/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:278305/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:512323/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:508715/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:494055/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:487586/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:485152/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:463999/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:443772/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:427547/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:408952/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:349625/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:27283/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:302426/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:326538/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:343755/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:385681/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:358225/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:364643/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGAACCg  <  1:1035553/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGCTCCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1180234/54‑1 (MQ=255)
      aCTGGCAGATGAGATGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:365408/54‑1 (MQ=38)
       cTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:899698/53‑1 (MQ=255)
       cTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:429861/53‑1 (MQ=255)
       cTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1062727/53‑1 (MQ=255)
       cTGGCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:1035887/53‑1 (MQ=255)
         ggCAGATGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:640269/51‑1 (MQ=255)
               tGAGCTGCTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCg  <  1:583512/45‑1 (MQ=255)
                     |                                      
GACTGAACTGGCGGATGAGCTACTGGCTATTTACAACGCGAATTACCAGAGCGAGTACCG  >  minE/649267‑649326

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A