Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I1 R2 90 19.5 1203533 67.3% 809977 57.3

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,688,810 T→C K79E (AAA→GAA)  pepB ← aminopeptidase B

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,688,8100TC100.0% 323.3 / NA 88K79E (AAA→GAA) pepBaminopeptidase B
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (51/37);  total (51/37)

ACACCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTTGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGCC  >  minE/1688780‑1688852
                              |                                          
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGc                                  >  1:669905/1‑41 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGa                              >  1:445048/1‑45 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGAt               >  1:26639/1‑60 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGAt               >  1:452691/1‑60 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGAt               >  1:671597/1‑60 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGAt               >  1:713403/1‑60 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGAt               >  1:1108800/1‑60 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:550017/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1027495/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:298557/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:316886/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:328670/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:374928/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:382660/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:394020/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:430686/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:953048/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:445323/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:950252/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:465226/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:505011/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:797702/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:633261/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:642485/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:651148/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:932992/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:90386/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:702199/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:704702/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:842638/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:731011/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:74016/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:836012/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:753962/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:792647/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1068375/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:113065/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1194777/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1196495/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:140803/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1140147/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1096317/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:163117/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1186919/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1089269/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:108635/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1186626/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:211932/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:21338/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1047128/1‑61 (MQ=255)
acacCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATc              >  1:1043191/1‑61 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1173159/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:677421/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1140362/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1141159/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:566411/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1127108/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1110279/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:757961/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:88377/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:105460/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:909041/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:921148/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1003680/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:162499/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:333438/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:335202/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:345538/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:352288/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:358714/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:319756/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1175853/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:18722/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:144459/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:227716/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:478375/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:2976/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:502700/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:545641/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:232911/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:572256/61‑1 (MQ=255)
            gcgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:278216/61‑1 (MQ=255)
            gcgGGCCGTGCGGGGCTTCGGAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGAGATCCGCATCCCAGcc  <  1:801358/61‑1 (MQ=255)
             cgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1090459/60‑1 (MQ=255)
             cgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:20027/60‑1 (MQ=255)
             cgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1125153/60‑1 (MQ=255)
             cgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:495274/60‑1 (MQ=255)
             cgTGCCTTTCGGGGCTTCGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGcc  <  1:1170076/60‑1 (MQ=255)
                              |                                          
ACACCACTTTACGCGTGCCTTTCGGGGCTTTGTAACCTTGCCAGAATGCCCAGCAGCGATCCGCATCCCAGCC  >  minE/1688780‑1688852

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A