Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F28 I1 R2
|
90 |
19.5 |
1203533 |
67.3% |
809977 |
57.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,763,533 |
G→A |
noncoding (311/1542 nt) |
rrsG ← |
16S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,763,533 | 0 | G | A | 100.0%
| 131.8
/ NA
| 79 | noncoding (311/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (79/0); total (79/0) |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACA > minE/1763523‑1763594
|
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGCCCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:67680/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:496117/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:651700/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:649250/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:633905/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:630399/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:627348/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:579069/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:567735/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:525909/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:660573/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:491375/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1005495/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:429511/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:428586/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:412344/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:411557/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:386700/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:370983/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:369602/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:846747/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:990908/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:98855/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:977326/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:963064/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:930943/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:907431/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:881251/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:864738/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:481279/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:833936/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:833645/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:822607/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:77844/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:747803/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:738835/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:733371/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:710325/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1088516/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:359697/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:118642/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1190611/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1197782/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1173393/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:128960/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1155211/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1147028/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1147017/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1139884/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:153867/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:16192/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1111432/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:213494/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:317609/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1005636/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:355892/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1035857/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:344772/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1037117/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:339157/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:319869/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:225753/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1042870/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1072075/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:290218/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:1074949/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTg > 1:248807/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTAGCCTTGGTg > 1:503500/1‑53 (MQ=11)
ttCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCCTCGCCTTGGTg > 1:351639/1‑53 (MQ=11)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:117889/1‑60 (MQ=11)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt > 1:758364/1‑51 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:1096592/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:365718/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:37396/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:39053/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:1039172/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:951849/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:306776/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:924352/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:917707/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:907843/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:435512/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:890678/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:886208/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:482895/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:500646/1‑60 (MQ=255)
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ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:534995/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:588132/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:822835/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:146519/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:811432/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:806041/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:782165/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:134251/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:633572/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:1199310/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:1174765/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:72317/1‑60 (MQ=255)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTT‑GTGAGCCGTTACCCCACcaaca > 1:743105/1‑62 (MQ=14)
|
TTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACA > minE/1763523‑1763594
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
