Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 707,316 G→T V268L (GTG→TTG)  glnS → glutamyl‑tRNA synthetase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb707,3160GT100.0% 557.4 / NA 146V268L (GTG→TTG) glnSglutamyl‑tRNA synthetase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (146/0);  total (146/0)

Only 100 of 146 total aligned reads displayed.

TCTGGAATACACCGTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAG  >  W3110S.gb/707303‑707367
             |                                                   
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACctgct                         >  1:1533573/1‑42 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGAcc                  >  1:1129893/1‑49 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGGACGTTGAAg  >  1:1715452/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGtt      >  1:1797479/1‑61 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGaa   >  1:949686/1‑64 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGaa   >  1:754510/1‑64 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGaa   >  1:1005311/1‑64 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGaa   >  1:1170406/1‑64 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGaa   >  1:1171147/1‑64 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGaa   >  1:633326/1‑64 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:368571/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:278191/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:418651/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:437668/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:462336/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:474248/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:487243/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:522396/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:531419/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:355562/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:297887/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:28031/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1862745/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:265584/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:260451/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:241931/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:24008/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:215952/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:210642/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1823356/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:765969/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:973494/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:931364/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:922170/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:897148/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:893047/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:872135/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:87003/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:857237/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:82948/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:80130/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:7971/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:537953/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:735922/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:717615/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:717284/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:683263/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:664756/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:664566/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:656313/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:655799/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:614427/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:594153/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:130761/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1462989/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:145752/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1431593/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1421895/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1407197/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1380399/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1370604/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1366205/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1336734/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1332434/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1308358/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1463273/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1297222/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1268904/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1214714/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1196645/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1186630/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1086307/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1043749/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1036947/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1022612/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1014579/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1583984/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1832472/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1826129/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1820259/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1762021/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1747872/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1743297/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1735842/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1710289/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1682199/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1671331/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:159634/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1850562/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1583615/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1565812/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1565031/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1550291/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1517272/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1503184/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1501135/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1491158/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1481456/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:1473868/1‑65 (MQ=255)
tCTGGAATACACCTTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTAACCGACAAGCACGTTGAAg  >  1:687046/1‑65 (MQ=255)
             |                                                   
TCTGGAATACACCGTGATGTCCAAGCGTAAGTTGAACCTGCTGGTGACCGACAAGCACGTTGAAG  >  W3110S.gb/707303‑707367

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A