Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,180,944 G→A L319F (CTT→TTT)  fbaB ← fructose‑bisphosphate aldolase class I

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,180,9440GA100.0% 318.7 / NA 84L319F (CTT→TTT) fbaBfructose‑bisphosphate aldolase class I
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/84);  total (0/84)

GCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAGAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGTT  >  W3110S.gb/2180906‑2180970
                                      |                          
gCCGTCAGCCATCGTTTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:207475/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACTCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:645428/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTGCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:102796/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCGTTCCGCCTGCGCGtt  <  1:773922/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:441406/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:536802/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:526330/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:493320/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:492734/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:488843/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:482003/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:468559/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:468236/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:442764/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:607549/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:432766/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:402013/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:39114/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:375815/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:370375/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:271007/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:992127/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:734730/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:95927/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:921589/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:903466/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:899432/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:871634/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:835085/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:833532/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:774652/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:754233/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:564008/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:726473/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:709942/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:69878/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:683592/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:664119/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:649518/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:23323/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:983781/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1297262/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:195052/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1430482/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1416764/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1378427/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1374769/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1370172/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:132523/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1309320/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1305154/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1470137/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1253543/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:124263/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1197571/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1172807/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1161576/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1121673/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1109065/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1069350/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:104359/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1516551/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1873727/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1807253/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1803815/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1803225/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1801196/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1740292/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1737523/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1728237/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:168302/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1680539/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1661395/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1655751/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1584025/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1550923/65‑1 (MQ=255)
gCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGACCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:82566/65‑1 (MQ=255)
 ccGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1692334/64‑1 (MQ=255)
 ccGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1698278/64‑1 (MQ=255)
 ccGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1247047/64‑1 (MQ=255)
 ccGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1385908/64‑1 (MQ=255)
          aTCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:271877/55‑1 (MQ=255)
           tCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:1480642/54‑1 (MQ=255)
                            ttACGTCCAAAAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGtt  <  1:467404/37‑1 (MQ=255)
                                      |                          
GCCGTCAGCCATCGATTTCTTGAACGCTTTACGTCCAAGAATCAGCCCCATTCCGCCTGCGCGTT  >  W3110S.gb/2180906‑2180970

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A