Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A1 F28 I1 R1	354	41.7	3110465	93.1%	2895842	61.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,303,633	G→T	Q246Y (CAG→TAT)	oppA →	oligopeptide transporter subunit

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,303,633	0	G	T	100.0%	203.9 / NA	62	Q246Y (CAG→TAT)	oppA	oligopeptide transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (20/42); total (20/42)

CGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTA  >  W3110S.gb/1303579‑1303680

cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt                                       <  1:682204/65‑1 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTATCCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:845122/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:2824365/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:189652/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1857823/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:2213707/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1037263/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:251689/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:153432/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:254972/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:389829/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:136920/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:796411/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1339302/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:2835621/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1321950/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:121239/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:3012481/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1126465/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:994025/1‑65 (MQ=255)

                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCAGa                       >  1:2307553/1‑65 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:293215/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:673979/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:325230/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:314782/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:2514939/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:2129241/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:183012/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1180225/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1279453/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:898623/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1322519/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1381957/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1478494/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1501152/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1506007/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:152204/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:737916/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1637505/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1688085/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:709676/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1746024/65‑1 (MQ=255)

                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:688271/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGTAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:582242/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:440978/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:240289/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2911399/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2900902/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2876884/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2762999/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2556935/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2539386/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2535811/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:1739401/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:1601683/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:1356926/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:1355359/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:1290673/65‑1 (MQ=255)

                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:1059338/65‑1 (MQ=255)

                                      aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:399957/64‑1 (MQ=255)

                                      aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2752135/64‑1 (MQ=255)

                                      aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2100866/64‑1 (MQ=255)

CGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTA  >  W3110S.gb/1303579‑1303680

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A