Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F28 I3 R1 176 0.0 1562086 58.2% 909134 66.5

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,986,814 C→A T41T (ACC→ACA)  yjjY → hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,986,8140CA100.0% 270.4 / NA 72T41T (ACC→ACA) yjjYhypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (0/72);  total (0/72)

CAAAAACGGCTGTCATCCTAACCATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATAAA  >  minE/2986792‑2986862
                      |                                                
cAAAAACGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:657209/71‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACCGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1063362/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGTACACCCAATaaa  <  1:1409739/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:582065/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:700848/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:670805/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:944500/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:639472/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:625834/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:615837/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:592131/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:589626/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:703749/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:579928/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:538879/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:522271/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:500776/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:408951/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:407055/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1062106/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:939955/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:399528/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:706722/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:760938/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:771667/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:783177/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:794284/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:818023/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:846559/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:904134/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:913005/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:914339/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:914692/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:934232/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:938394/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:939271/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1241445/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1454530/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:137059/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1357911/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1337491/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1336958/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1313383/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1312628/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1253814/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:366753/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1221428/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1197428/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1195596/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1166734/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1153609/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:111255/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1078731/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1498771/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:39089/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:282712/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:268614/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:267283/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:243771/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:23146/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:206787/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:181665/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:161403/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:151797/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1516674/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1514582/70‑1 (MQ=255)
 aaaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACACGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1470212/70‑1 (MQ=255)
  aaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:932442/69‑1 (MQ=255)
  aaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:115795/69‑1 (MQ=255)
  aaaaCGGCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:1510531/69‑1 (MQ=255)
        gCTGTCATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:495435/63‑1 (MQ=255)
             cATCCTAACAATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATaaa  <  1:946328/58‑1 (MQ=255)
                      |                                                
CAAAAACGGCTGTCATCCTAACCATTTTAACAGCAACATAACAGGCTAAGAGGGGCCGGACACCCAATAAA  >  minE/2986792‑2986862

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A