Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R2
|
230 |
93.6 |
4701257 |
96.3% |
4527310 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
562,851 |
A→G |
44.8% |
K116K (AAA→AAG) |
ybjK → |
predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 562,851 | 0 | A | G | 44.8%
| 12.2
/ 85.5
| 67 | K116K (AAA→AAG) | ybjK | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/16); new base G (12/18); total (33/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.77e-01 |
ACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTG > minE/562788‑562918
|
acaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTAt < 1:2967651/71‑1 (MQ=255)
acaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTAt < 1:2227167/71‑1 (MQ=255)
ggTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCg > 1:1735005/1‑64 (MQ=255)
gTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGc < 1:3150172/64‑1 (MQ=255)
gTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGCCTAGCCGAAAACCGCTATTaaa < 1:4016774/71‑1 (MQ=255)
ttGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCg < 1:3772668/62‑1 (MQ=255)
gCAACGCCGGATAATATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTCTTaaaaa < 1:957096/70‑1 (MQ=255)
aaCGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACgg > 1:3973601/1‑71 (MQ=255)
aCGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGt < 1:1000196/71‑1 (MQ=255)
cGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTa < 1:3597693/71‑1 (MQ=255)
cGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTa < 1:3380756/71‑1 (MQ=255)
cGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTa < 1:434688/71‑1 (MQ=255)
gCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTaa < 1:425373/71‑1 (MQ=255)
ggATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATg > 1:2678951/1‑70 (MQ=255)
aTAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCaa < 1:3984638/71‑1 (MQ=255)
aTAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaa < 1:4573703/71‑1 (MQ=255)
tAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCaa > 1:3927318/1‑70 (MQ=255)
tAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTaa > 1:221009/1‑65 (MQ=255)
tAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTa > 1:446658/1‑64 (MQ=255)
aCATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAATCGGTAATGCAAAAc > 1:2193171/1‑71 (MQ=255)
aCATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaaaa < 1:926940/70‑1 (MQ=255)
aTGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg < 1:2965852/71‑1 (MQ=255)
aTGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg < 1:2475397/71‑1 (MQ=255)
aTGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg > 1:1789857/1‑71 (MQ=255)
tGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTaa < 1:3471503/60‑1 (MQ=255)
tGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg > 1:3996460/1‑70 (MQ=255)
tGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTg > 1:3299753/1‑70 (MQ=255)
aGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATTCAAAACTGGATg < 1:282369/71‑1 (MQ=255)
gATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCa > 1:3528035/1‑57 (MQ=255)
gATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCa > 1:4138100/1‑69 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAgcg < 1:2518549/71‑1 (MQ=255)
tGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTAtt > 1:477794/1‑40 (MQ=255)
tGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTAt > 1:3781961/1‑39 (MQ=255)
gTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTAtt < 1:1584906/39‑1 (MQ=255)
tACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAg < 1:1295799/71‑1 (MQ=255)
aGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAGGCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAgcgc < 1:4697055/65‑1 (MQ=255)
aGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAg > 1:2753791/1‑71 (MQ=255)
ctctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCTCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa < 1:1108139/71‑1 (MQ=255)
ctctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGc > 1:1729086/1‑70 (MQ=255)
tctACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa < 1:76516/70‑1 (MQ=255)
tctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGc < 1:906882/45‑1 (MQ=255)
tctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa > 1:2326760/1‑70 (MQ=255)
ctACGCGCTGGCTAGCCGAAAGACGCTATTAAAAACGGTAAt > 1:4561793/1‑42 (MQ=255)
ctACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCaaa > 1:1952660/1‑71 (MQ=255)
tACGCGCTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa < 1:142607/68‑1 (MQ=255)
cgcgCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaaaa > 1:484477/1‑45 (MQ=255)
cgcgCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaaa > 1:621183/1‑44 (MQ=255)
gcTGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTc > 1:3640277/1‑70 (MQ=255)
gcTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTc > 1:3430914/1‑70 (MQ=255)
tGGCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTc < 1:877734/57‑1 (MQ=255)
ggCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGaa > 1:2210730/1‑70 (MQ=255)
gatAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAAc < 1:3778063/68‑1 (MQ=255)
gCTAGCCGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAAc > 1:4185467/1‑70 (MQ=255)
gCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAAc < 1:1149515/70‑1 (MQ=255)
gCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACa < 1:2384156/71‑1 (MQ=255)
gCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACa < 1:2925749/71‑1 (MQ=255)
aGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATg > 1:892447/1‑71 (MQ=255)
aGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATg > 1:970289/1‑71 (MQ=255)
gCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATg < 1:469666/70‑1 (MQ=255)
ccGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGt < 1:435063/49‑1 (MQ=255)
ccGAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGt < 1:1027625/49‑1 (MQ=255)
gAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTc > 1:4589041/1‑59 (MQ=255)
gAAAGCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTc > 1:2405813/1‑59 (MQ=255)
gAAAGCCGATATTAAAAAGGGTAATGCAAAACTGGATGc > 1:2848156/1‑39 (MQ=25)
gAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGa > 1:2736474/1‑36 (MQ=255)
gAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACaa > 1:1439266/1‑65 (MQ=255)
gAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGttt > 1:4234985/1‑71 (MQ=255)
aaagCCGCTATTAAAAACGGTAATTCAAAACTGGAt > 1:2634551/1‑36 (MQ=37)
aaagCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGttt > 1:424649/1‑70 (MQ=255)
aaaaCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATg < 1:80989/66‑1 (MQ=255)
aaaaCCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTg < 1:939469/71‑1 (MQ=255)
|
ACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTG > minE/562788‑562918
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
