Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I2 R1 330 0.0 2544031 91.9% 2337964 62.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,179,239 C→T L55L (CTG→TTG)  ygiC → hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,179,2390CT100.0% 296.1 / NA 84L55L (CTG→TTG) ygiChypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (62/22);  total (62/22)

ACTACAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAACTGCACCAGATGTGCCTGAAAGTGGTGGAAAA  >  W3110S.gb/3179186‑3179270
                                                     |                               
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:235482/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:43184/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:420321/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:405205/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:324493/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:308715/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2513383/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2465014/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2415988/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:466355/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2311547/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1026678/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2155911/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2151710/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2147948/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2117981/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:209688/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2055208/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:574517/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:957602/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:931870/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:837223/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:818873/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:746963/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:715248/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:710896/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:620242/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2296891/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:553664/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:534594/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:512860/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:494766/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:48785/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:482928/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:482170/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1260073/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1486837/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1647314/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1663874/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1476762/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1668486/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1378307/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1372904/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1355507/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1289780/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1743706/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1247457/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1221531/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1142445/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1129570/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1933871/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1950646/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1982997/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2009102/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:1041789/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAtg                      >  1:2053639/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAt                       >  1:1542769/1‑64 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAt                       >  1:2025485/1‑64 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAt                       >  1:1498928/1‑64 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGAt                       >  1:1278584/1‑64 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGC‑GCAGAtgt                     >  1:1830533/1‑65 (MQ=255)
actacAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATAGCACCAGAtg                      >  1:1106938/1‑65 (MQ=255)
                    cAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCTGAAAGTGGTGGaaaa  <  1:2506047/65‑1 (MQ=255)
                    cAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCTGAAAGTGGTGGaaaa  <  1:1751641/65‑1 (MQ=255)
                    cAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCTGAAAGTGGTGGaaaa  <  1:2297867/65‑1 (MQ=255)
                    cAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCTGAAAGTGGTGGaaaa  <  1:620025/65‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:593427/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:2111530/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:1076713/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:832641/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:83245/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:1124086/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:1922331/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:1171402/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:414304/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:176262/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:241013/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:2479721/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:2495191/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:2507725/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:301948/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:372049/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:435384/41‑1 (MQ=255)
                             aaGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAATTGCACCAGATGTGCCt                 <  1:1565341/41‑1 (MQ=255)
                                                     |                               
ACTACAAGTTGACCCTCGCCCAGGTTGAAAAGCTGGAAGAAGTCACCGCCGAACTGCACCAGATGTGCCTGAAAGTGGTGGAAAA  >  W3110S.gb/3179186‑3179270

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A