Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F28 I3 R1 176 0.0 1562086 58.2% 909134 66.5

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,022,571 G→C R398G (CGT→GGT)  uidA ← beta‑D‑glucuronidase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,022,5710GC100.0% 224.4 / NA 64R398G (CGT→GGT) uidAbeta‑D‑glucuronidase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base C (64/0);  total (64/0)

TCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGC  >  minE/1022519‑1022581
                                                    |          
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTAt      >  1:314922/1‑59 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAga  >  1:583296/1‑62 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAg   >  1:366239/1‑62 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:172088/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:191394/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1015215/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:196392/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:232203/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:234678/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:28272/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:290880/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:313836/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:318135/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:425211/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:453445/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:51052/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:522849/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:655035/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:67335/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:823648/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:856054/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:874385/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:889037/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:903860/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:912108/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:916085/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:935030/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:952635/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:969633/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:981923/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:987717/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1303202/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1018930/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:105647/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1059268/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1087964/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1092217/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:111474/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1173333/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1177862/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1189852/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1214367/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:121564/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1232790/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1248725/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1253315/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1284153/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1346388/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1533121/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1495582/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1468269/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:146275/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1459005/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1441491/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1438204/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1434100/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1404373/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1402438/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1356166/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:163508/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTAACCCGCTATCAGc  >  1:440495/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGATTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:324268/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGATTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:592196/1‑63 (MQ=255)
tCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCATGGGTGGTTTTTGTCACCCGCTATCAGc  >  1:1535981/1‑63 (MQ=255)
                                                    |          
TCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGC  >  minE/1022519‑1022581

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A