Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F28 I3 R1 176 0.0 1562086 58.2% 909134 66.5

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 1,498,156 +G coding (1688/1803 nt) nuoC ← NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain C,D

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,498,1521.G100.0% 231.8 / NA 65P564P (CCG→CCC) nuoCNADH:ubiquinone oxidoreductase, chain C,D
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base G (0/65);  total (0/65)

AAAGCTC‑GGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTG  >  minE/1498146‑1498215
       |                                                               
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGTTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1267876/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:495573/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:687845/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:677827/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:631975/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:586778/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:573908/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:568498/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:566902/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:689610/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:484083/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:480390/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:417445/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:416559/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:401839/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:396877/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:354256/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:314043/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:765409/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:828778/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:830032/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:832745/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:847895/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:86279/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:874048/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:879893/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:893215/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:932167/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:93874/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:941403/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:942883/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:964180/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1340058/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1040968/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1048514/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1098774/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:111323/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1135266/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1146825/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1178138/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1188210/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1206543/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1213016/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:131602/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1318312/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1335275/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1040315/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1542828/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:271459/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:260145/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:222367/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:189161/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:177816/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:169781/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:166433/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1354412/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1476608/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1419245/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1388770/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1361334/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGGCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1285484/71‑1 (MQ=255)
aaaGCTCGGGGGTACGAACACGGGGGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:549709/71‑1 (MQ=255)
 aaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:506330/70‑1 (MQ=255)
 aaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1113943/70‑1 (MQ=255)
 aaGCTCGGGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGGCAGGTAGTAACTGTTg  <  1:1287690/70‑1 (MQ=255)
       |                                                               
AAAGCTC‑GGGGTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTG  >  minE/1498146‑1498215

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A