Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F3 I0 R1
|
328 |
90.1 |
2317887 |
85.2% |
1974839 |
62.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,437,790 |
G→A |
100% |
H49H (CAC→CAT) |
rep ← |
DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,437,790 | 0 | G | A | 83.8%
| 97.1
/ 11.7
| 44 | H49H (CAC→CAT) | rep | DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/0); new base A (0/36); total (7/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TACACGCTCTTTCATCTCGCGCGCTGCTTTATTAGTAAAGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGT > minE/2437736‑2437840
|
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACTGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2050191/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATTTGTCGCGCCt < 1:1191784/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2288343/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1697538/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1021280/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:180744/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1828686/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1899144/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2032798/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2080452/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2086603/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:2089430/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1803620/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:408995/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:429965/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:482553/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:587925/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:629409/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:674876/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:824722/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:914280/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1663302/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1043882/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1093155/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1263937/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1265169/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1281147/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1415763/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1473129/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1495007/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1537751/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:156042/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:161955/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1674103/64‑1 (MQ=255)
gacacGCTCTTTCATCTCGCGTGCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACC‑CCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1393949/63‑1 (MQ=255)
cgcgtgCCGCCTTATTGGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:160046/48‑1 (MQ=255)
ttatttGTAAAGGTCACCGCCGCGATATGTCGCGCCt < 1:1120254/37‑1 (MQ=21)
aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGTGCGATTTTa > 1:1326015/1‑62 (MQ=255)
aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGAtt > 1:342259/1‑59 (MQ=255)
aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTga > 1:1966150/1‑65 (MQ=255)
aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGt > 1:1465026/1‑67 (MQ=255)
aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGt > 1:223248/1‑67 (MQ=255)
aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGt > 1:639516/1‑67 (MQ=255)
aGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGt > 1:1083599/1‑67 (MQ=255)
|
TACACGCTCTTTCATCTCGCGCGCTGCTTTATTAGTAAAGGTCACCGCCGCAATGTGCCGCGCCTGATAACCGCAACCGCGGATCAGATGGGCGATTTTATTGGT > minE/2437736‑2437840
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
