Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 604,552 C→A T32T (ACG→ACT)  nfnB ← dihydropteridine reductase, NAD(P)H‑dependent, oxygen‑insensitive

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb604,5520CA100.0% 371.9 / NA 100T32T (ACG→ACT) nfnBdihydropteridine reductase, NAD(P)H‑dependent, oxygen‑insensitive
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (0/100);  total (0/100)

TTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTG  >  W3110S.gb/604523‑604591
                             |                                       
ttGGTTCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1378964/69‑1 (MQ=255)
ttGGTTCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:641811/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCTGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1390796/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:404174/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:583827/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:540294/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:540017/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:52406/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:493374/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:492513/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:443868/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:431621/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:429697/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:585958/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:39231/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:370794/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:368815/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:348998/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:312670/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:289225/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:286598/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:282646/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:277715/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:247486/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:22291/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:101435/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:847684/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:993008/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:991671/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:971101/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:966644/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:963799/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:963331/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:931292/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:918725/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:878538/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:868010/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:854746/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:212228/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:846548/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:81755/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:81364/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:799579/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:756995/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:718454/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:689548/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:646228/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:598807/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:593802/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1274200/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1397582/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:192927/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1364342/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1356865/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1353506/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1347239/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1338185/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1321743/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1311629/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:131117/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1282895/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1376743/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1265016/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1262094/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1226230/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1226093/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1180661/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1147672/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1075739/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1068933/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1033579/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:103310/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1014675/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1499246/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:192224/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:167595/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1600805/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1579926/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1577371/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1573250/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1567726/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1565790/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1562605/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1512313/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1451993/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1447582/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1440666/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1411428/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1406689/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1402420/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1398739/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTCTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1160453/69‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTGGATGCGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1487915/69‑1 (MQ=255)
 tGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1034218/68‑1 (MQ=255)
  ggTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:699788/67‑1 (MQ=255)
     gCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:1443435/64‑1 (MQ=255)
      cTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:173024/63‑1 (MQ=255)
          aTGGGCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGTTCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:70237/59‑1 (MQ=255)
             ggCTGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:56429/56‑1 (MQ=255)
                tGTATTGCAGTAGAGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTg  <  1:572959/53‑1 (MQ=255)
                             |                                       
TTGGTGCTGGATGGGCTGTATTGCAGTAGCGTTTTGATCTGCTCGGCCTGTTCCGGGGTAAGTTTTTTG  >  W3110S.gb/604523‑604591

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A