Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,244,320 C→T C113Y (TGC→TAC)  ldcA ← L,D‑carboxypeptidase A

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,244,3200CT100.0% 243.7 / NA 66C113Y (TGC→TAC) ldcAL,D‑carboxypeptidase A
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (66/0);  total (66/0)

GCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTC  >  W3110S.gb/1244280‑1244347
                                        |                           
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCTATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:318065/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATgg                    >  1:430404/1‑50 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:500308/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:629902/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:617549/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:570438/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:558911/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:557264/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:55699/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:530584/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:510539/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:633678/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:497005/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:493265/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:475510/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:456770/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:414445/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:853307/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:979772/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:973422/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:956547/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:948065/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:940934/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:934398/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:872110/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:868102/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:400742/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:822763/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:822452/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:766829/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:759319/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:755113/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:707914/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:642510/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1388824/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1048785/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1082028/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1109425/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1131132/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:115045/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1173887/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1178742/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1218769/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:124605/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1260278/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1260849/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1285370/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1316413/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1355693/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1369851/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1027888/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:140790/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1442522/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1447411/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:146039/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1511340/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1524109/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1591476/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:1598963/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:177375/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:282413/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:285596/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:313074/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:317095/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:35262/1‑68 (MQ=255)
gCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGTACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTc  >  1:364110/1‑68 (MQ=255)
                                        |                           
GCCGCTAAAGGTGATGACATTGCCATGCGCCAGAAGACCGCACTGAATGGCGGTAAAATCGCTATGTC  >  W3110S.gb/1244280‑1244347

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A