Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,918,374 G→A F343F (TTC→TTT)  gudX ← predicted glucarate dehydratase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,918,3740GA100.0% 376.1 / NA 104F343F (TTC→TTT) gudXpredicted glucarate dehydratase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (104/0);  total (104/0)

Only 100 of 104 total aligned reads displayed.

AGAGAGATATCGAAATGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTC  >  W3110S.gb/2918363‑2918418
           |                                            
agagggATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:965742/1‑54 (MQ=38)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCCGCCCCAGGTCAGCCCCCAg       >  1:1024868/1‑51 (MQ=38)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCCGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:490495/1‑54 (MQ=38)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAg                   >  1:1338167/1‑39 (MQ=37)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGt                 >  1:752064/1‑41 (MQ=38)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCa               >  1:958124/1‑43 (MQ=38)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:443316/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:575594/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:543889/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:541724/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:531246/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:524093/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:495570/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1027909/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:482512/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:471165/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:249806/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:426987/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:227206/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:408910/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:389183/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:36714/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:351827/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:327416/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:305321/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:28656/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:740459/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:953382/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:941944/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:928076/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:899328/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:891019/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:870472/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:865603/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:8554/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:790557/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:602313/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:718152/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:710613/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:699263/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:69859/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:682110/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:67731/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:668263/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:658925/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:654537/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1213889/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1395176/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1394530/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:222970/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1349324/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1346082/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1316224/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1314036/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1254104/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1224399/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1213966/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1384921/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1186981/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1180017/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1163155/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1161408/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1158558/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1138554/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1130389/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1101162/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1043496/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1041259/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1522131/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:215071/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:193405/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:159299/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1571617/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1556492/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1536665/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1398999/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1509816/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1501524/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1493912/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1417987/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1491503/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1418608/1‑54 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtc     >  1:429741/1‑53 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtc     >  1:192707/1‑53 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtc     >  1:1116771/1‑53 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtc     >  1:1186356/1‑53 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtc     >  1:1425834/1‑53 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtc     >  1:1387632/1‑53 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtc     >  1:349958/1‑53 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtc     >  1:337070/1‑53 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgt      >  1:538872/1‑52 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgt      >  1:958026/1‑52 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgt      >  1:648456/1‑52 (MQ=39)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCACAgtc     >  1:467234/1‑53 (MQ=38)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGACCCCAgtcg    >  1:412928/1‑54 (MQ=38)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCACCCCCCAgtcgtc  >  1:609106/1‑56 (MQ=255)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGCCAGCCCCCAgtcg    >  1:322615/1‑54 (MQ=38)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCA‑GTCAGCCCCCAgtcg    >  1:864477/1‑53 (MQ=38)
agagagATATCAAAGTGGTTATTAGAATAGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1081667/1‑54 (MQ=38)
agagagAAATCAAAGTGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAgtcg    >  1:1227313/1‑54 (MQ=255)
           |                                            
AGAGAGATATCGAAATGGTTATTAGAATGGCAGCCCCAGGTCAGCCCCCAGTCGTC  >  W3110S.gb/2918363‑2918418

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A