Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,067,063 G→A G134G (GGC→GGT)  argO ← arginine transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,067,0630GA100.0% 250.1 / NA 68G134G (GGC→GGT) argOarginine transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/68);  total (0/68)

TTCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTGCCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCA  >  W3110S.gb/3067036‑3067103
                           |                                        
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:282636/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:522041/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:497804/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:49042/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:479968/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:42847/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:393571/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:38404/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:364194/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:529886/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:240090/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:239880/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:181118/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:178464/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:176494/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:162567/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1003233/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:789669/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:993658/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:990777/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:932005/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:888309/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:868489/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:862966/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:816653/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:805923/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1607022/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:766141/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:697027/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:678690/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:649380/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:60550/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:583121/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:554206/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1290015/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1040939/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1063693/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1087166/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1126260/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1160066/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1160497/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:116937/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1172109/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1177047/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1209050/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1213281/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1226796/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1249719/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1599370/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1321909/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1469594/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1593558/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1579509/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1565170/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1537783/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1524948/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1469845/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:132985/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1423761/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1415207/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1395819/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1392083/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:134141/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1340512/68‑1 (MQ=255)
ttCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1334327/68‑1 (MQ=255)
 tCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:914966/67‑1 (MQ=255)
      aTCAAGTTGCCCGCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1065820/62‑1 (MQ=255)
                  gCCAAGGCTACCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCa  <  1:1179016/50‑1 (MQ=255)
                           |                                        
TTCCACATCAAGTTGCCCGCCAAGGCTGCCCAGTACAACAAAAGTATCCAGGTAAACATGCGGATTCA  >  W3110S.gb/3067036‑3067103

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A