Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
237,233 |
T→G |
40.8% |
D32E (GAT→GAG) |
ykiA → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 237,233 | 0 | T | G | 40.8%
| 25.2
/ 74.9
| 76 | D32E (GAT→GAG) | ykiA | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/24); new base G (18/13); total (39/37) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
ATTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCC > minE/237176‑237301
|
aTTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGc < 1:964969/69‑1 (MQ=255)
aTTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGc < 1:2205021/69‑1 (MQ=255)
aTTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGc < 1:197767/69‑1 (MQ=255)
ttGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGc < 1:1072992/68‑1 (MQ=255)
ttGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGc < 1:2023577/68‑1 (MQ=255)
gcgcAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCt > 1:412200/1‑67 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGGCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:1799212/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCATGAGCGGTCGCTGGCt > 1:388869/1‑61 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCt > 1:1297117/1‑61 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCt > 1:1472193/1‑61 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCt > 1:3240107/1‑61 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCt > 1:2035659/1‑61 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:2653832/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:2760153/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:2972085/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:3022755/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:109375/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:905150/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:513486/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:66088/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:1368776/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:827305/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:69526/1‑62 (MQ=255)
cGCACATACCCCGGTGTTGTTGTTAACGACATT‑ACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTa > 1:484297/1‑61 (MQ=255)
cacaTACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATc < 1:168452/69‑1 (MQ=255)
cacaTACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATc < 1:1155317/69‑1 (MQ=255)
cacaTACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATc < 1:420327/69‑1 (MQ=255)
ccccGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAgc > 1:3284606/1‑69 (MQ=255)
gttgttAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGa > 1:3359718/1‑69 (MQ=255)
gttgttAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGa > 1:383987/1‑69 (MQ=255)
gttgttAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGa < 1:2658144/69‑1 (MQ=255)
aaCGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCAGAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:187151/69‑1 (MQ=255)
aaCGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:2806696/69‑1 (MQ=255)
aaCGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:2695044/69‑1 (MQ=255)
aaCGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:2669385/69‑1 (MQ=255)
aaCGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:2724219/69‑1 (MQ=255)
aaCGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:2030045/69‑1 (MQ=255)
aaCGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAAACCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:1293750/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:682385/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:669876/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:2264136/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:2750716/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:1877662/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:2028519/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:2220896/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:374242/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:360737/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:3119710/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:2203450/69‑1 (MQ=255)
aTTGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGc < 1:323589/69‑1 (MQ=255)
ttGACTGAGCCTCAGGAGCGGTCGCTGGCTATTAATAATTCACAGCTGGCTGCTGATGTGAAAACGGc < 1:1716971/68‑1 (MQ=255)
gACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:2514110/60‑1 (MQ=255)
gACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:2217393/60‑1 (MQ=255)
gACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:2607497/60‑1 (MQ=255)
gACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:3208298/60‑1 (MQ=255)
gACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTg > 1:985190/1‑69 (MQ=255)
gACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTg > 1:2055460/1‑69 (MQ=255)
gACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTg > 1:3015167/1‑69 (MQ=255)
gACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTg > 1:1703265/1‑69 (MQ=255)
aCTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTATTAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGaa < 1:2322619/59‑1 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTGTTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:924739/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGggtggt > 1:2792321/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:2258379/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:1151845/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:954290/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:1510361/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:684349/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:1872141/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:1959134/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:2994926/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:3407667/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:3363399/1‑68 (MQ=255)
tGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCAGATGTGAAAACGGCGTGGt > 1:2282415/1‑68 (MQ=255)
cAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAagag < 1:663960/69‑1 (MQ=255)
cAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAagag < 1:732247/69‑1 (MQ=255)
cAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAagag < 1:828335/69‑1 (MQ=255)
tCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATcc > 1:1813414/1‑69 (MQ=255)
tCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATcc > 1:1881679/1‑69 (MQ=255)
tCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATcc > 1:3281612/1‑69 (MQ=255)
tCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGACGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATc > 1:2252713/1‑68 (MQ=255)
|
ATTGCGCAACGCACATACCCCGGCGTTGTTGTTAACGACATTGACTGAGCCTCAGGATCGGTCGCTGGCTATTAATAATCCACAGCTGGCTGCCGATGTGAAAACGGCGTGGTTAAAAGAGGATCC > minE/237176‑237301
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
