Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
300,712 |
G→A |
57.8% |
S536S (TCG→TCA) |
mdlB → |
fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 300,712 | 0 | G | A | 57.8%
| 17.9
/ 46.9
| 64 | S536S (TCG→TCA) | mdlB | fused predicted multidrug transporter subunits and ATP binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/17); new base A (15/22); total (25/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-01 |
TCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAGGG > minE/300649‑300771
|
tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:2839023/69‑1 (MQ=255)
tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:1293625/69‑1 (MQ=255)
tCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt > 1:1342373/1‑69 (MQ=255)
cAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAt < 1:1503846/68‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGACCATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2105588/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1705179/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2937090/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2949197/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2604063/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3071693/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:2032721/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3207090/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1672518/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1433220/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3402277/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:616377/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:1075887/69‑1 (MQ=255)
cATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCAAGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCAttgtt < 1:3371751/69‑1 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTAttgttg > 1:2225548/1‑68 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTAttgttg > 1:2960243/1‑68 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:32684/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:943073/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3301675/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3183564/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3353573/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:309476/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3093038/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:3021879/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:939099/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:2805050/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:1546866/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:1927423/1‑69 (MQ=255)
tGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGa > 1:2775384/1‑69 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2631692/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:638221/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:770031/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:779700/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:351162/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:785189/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:337972/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:1421842/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:894871/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2136679/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:2220236/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:3010598/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:932282/69‑1 (MQ=255)
ctGGCGGCGGTGCGTGAACATACTACGCTTGTGGTGATTGCTCACCGCTTATCAACTATTGTTGATGcc < 1:1308391/69‑1 (MQ=255)
aCCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCAt > 1:2910957/1‑69 (MQ=255)
aGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGc > 1:2260364/1‑69 (MQ=255)
aGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGc > 1:3035193/1‑69 (MQ=255)
aGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGc > 1:587447/1‑69 (MQ=255)
cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:1594683/1‑69 (MQ=255)
cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:1553424/1‑69 (MQ=255)
cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:1375632/1‑69 (MQ=255)
cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:2292054/1‑69 (MQ=255)
cACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAg > 1:3004763/1‑69 (MQ=255)
cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:1168931/68‑1 (MQ=255)
cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:388234/68‑1 (MQ=255)
cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:3417446/68‑1 (MQ=255)
cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:186345/68‑1 (MQ=255)
cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:2992764/68‑1 (MQ=255)
cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:2776198/68‑1 (MQ=255)
cGCTTATCAACTATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:2848138/68‑1 (MQ=255)
cGCTTATCAACTATTCTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCTGTGGAGCAggg < 1:1321677/68‑1 (MQ=255)
|
TCAACATGCTCTGGCGGCGGTGCGTGAACATACCACGCTGGTAGTGATTGCTCACCGCTTATCGACCATTGTTGATGCCGACACCATTCTGGTGCTTCATCGTGGGCAAGCCGTGGAGCAGGG > minE/300649‑300771
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
