Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
368,308 |
T→G |
35.1% |
P199P (CCT→CCG) |
fes → |
enterobactin/ferric enterobactin esterase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 368,308 | 0 | T | G | 35.1%
| 49.6
/ 63.4
| 77 | P199P (CCT→CCG) | fes | enterobactin/ferric enterobactin esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/40); new base G (11/16); total (21/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
CGCAAAGTATGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGT > minE/368250‑368371
|
cgcAAAGTATGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCgtg < 1:2121258/68‑1 (MQ=255)
gcAAAGTATGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTa < 1:840204/69‑1 (MQ=255)
gcAAAGTATGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTa < 1:3273989/69‑1 (MQ=255)
gcAAAGTATGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTa < 1:52024/69‑1 (MQ=255)
gcAAAGTATGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTa < 1:2748389/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTTGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:2099350/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:2695411/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:342638/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:2183376/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:2313638/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:20400/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:2375731/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:3240526/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:2443152/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:250146/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:2972953/69‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTg < 1:3354972/69‑1 (MQ=255)
tGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGa > 1:1195527/1‑69 (MQ=255)
tGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGa > 1:599304/1‑69 (MQ=255)
tGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGa > 1:3404640/1‑69 (MQ=255)
tGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCt < 1:668986/69‑1 (MQ=255)
tGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCt < 1:133834/69‑1 (MQ=255)
ggCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCt < 1:2528138/68‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGACTTCGCTGAGCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATc < 1:1210909/68‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATc < 1:3044544/68‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATc < 1:2261867/68‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATc < 1:248475/68‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATc < 1:1816131/68‑1 (MQ=255)
gCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGacac < 1:2066387/69‑1 (MQ=255)
gCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACCCTATCGacac < 1:2055963/69‑1 (MQ=255)
gccccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgcg > 1:1298579/3‑68 (MQ=255)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATc > 1:2601069/1‑43 (MQ=38)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgcg > 1:3069608/1‑68 (MQ=255)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgcg > 1:2774855/1‑68 (MQ=255)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgcg > 1:538785/1‑68 (MQ=255)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgcg > 1:3253542/1‑68 (MQ=255)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgcg > 1:2739987/1‑68 (MQ=255)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgcg > 1:2971765/1‑68 (MQ=255)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgcg > 1:206325/1‑68 (MQ=255)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgcg > 1:2637229/1‑68 (MQ=255)
gACCCATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACcgc > 1:784986/1‑67 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:417460/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:3313382/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:3309335/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:3248105/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:485121/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:2730244/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:1085036/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:1311128/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:845311/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:1491254/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:833075/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:2181869/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:2603216/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:2650567/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:2675791/68‑1 (MQ=255)
ccATCGTCGGCAACTTCCGCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGccc < 1:2693437/68‑1 (MQ=255)
tCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGa < 1:592988/69‑1 (MQ=255)
tCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGa < 1:1970775/69‑1 (MQ=255)
tCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGa < 1:1230733/69‑1 (MQ=255)
gTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGGTCGACGCTATCGACACCACGCCCCGCGCCCCCGAAc > 1:2431871/1‑69 (MQ=255)
gTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGaa > 1:535894/1‑68 (MQ=255)
gTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAAc > 1:980503/1‑69 (MQ=255)
gTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAAc > 1:3431746/1‑69 (MQ=255)
gTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAAc > 1:3266201/1‑69 (MQ=255)
gTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAAc > 1:2753359/1‑69 (MQ=255)
gTCAGCAACTTCCTACCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGc > 1:2201133/1‑40 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCttgt < 1:2846239/69‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCgtgt < 1:3145095/69‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCgtgt < 1:2347717/69‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCgtgt < 1:616429/69‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCgtgt < 1:2195095/69‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCgtgt < 1:196131/69‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCgtgt < 1:1634183/69‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCgtgt < 1:1488460/69‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCgtgt < 1:1180028/69‑1 (MQ=255)
cTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTCCCgtgt < 1:442680/69‑1 (MQ=255)
cctccCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCgtgt < 1:1849975/66‑1 (MQ=255)
|
CGCAAAGTATGCCCGTCTGGCCAGTGCTGACTTCGCTGACCCATCGTCAGCAACTTCCTCCCGCCGTGTATGTGTTGATCGACGCTATCGACACCACGCACCGCGCCCACGAACTGCCGTGT > minE/368250‑368371
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
