Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
374,081 |
G→A |
20.7% |
A311T (GCA→ACA) |
fepE → |
regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 374,081 | 0 | G | A | 20.7%
| 125.9
/ 21.0
| 86 | A311T (GCA→ACA) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/30); new base A (16/2); total (54/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAG > minE/374015‑374141
|
aCTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGca < 1:2906146/69‑1 (MQ=255)
aCTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGca < 1:421085/69‑1 (MQ=255)
aCTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGca < 1:3069638/69‑1 (MQ=255)
aCTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGca < 1:1633945/69‑1 (MQ=255)
cTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGca < 1:877622/68‑1 (MQ=255)
cTGACGTTGCGGAACTGAACGGCGAATTACGTAATCGGCATTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGca < 1:3330849/68‑1 (MQ=255)
tGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCATTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGca < 1:2455814/67‑1 (MQ=255)
aattGAACGGTGAATTACGTAATCGTCAGTATCTAGTCGAGCAATTAACAAAAACAAATATCAACGAtg < 1:1984409/66‑1 (MQ=255)
aattGAACGGTGAATTACGTAATCGTCAGTATCTAGTCGAGCAATTAACAAAAACAAATATCAACGAtg < 1:293724/66‑1 (MQ=255)
gAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:2241079/1‑69 (MQ=255)
gAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:828126/1‑69 (MQ=255)
gAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:42469/1‑69 (MQ=255)
gAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:1681594/1‑69 (MQ=255)
gAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:1630811/1‑69 (MQ=255)
gAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATCTCAACGATGTGa > 1:991840/1‑68 (MQ=255)
cGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:1511416/69‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:2945646/69‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:1984204/69‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:783135/69‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:2344100/69‑1 (MQ=255)
cGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:2290931/69‑1 (MQ=255)
ggTGAATTACGTAATCGTCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:571464/68‑1 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:305411/66‑1 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:3047758/66‑1 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:342871/66‑1 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt > 1:2889572/1‑66 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:2581275/66‑1 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt > 1:599236/1‑66 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt > 1:1159874/1‑66 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt > 1:2230816/1‑66 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:1686795/66‑1 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt > 1:1812824/1‑66 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:1259591/66‑1 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt > 1:1172768/1‑66 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:1497983/66‑1 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt > 1:1299900/1‑66 (MQ=255)
tGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt > 1:1528649/1‑66 (MQ=255)
gAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAAttt < 1:3189397/65‑1 (MQ=255)
aaTCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTaaa < 1:2373372/69‑1 (MQ=255)
ggCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATc > 1:2536246/1‑69 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGttt < 1:2540404/67‑2 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTa < 1:2941293/67‑1 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTa < 1:1834331/67‑1 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTa < 1:1674211/67‑1 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTa < 1:1258303/67‑1 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAg > 1:2445386/1‑69 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAg > 1:2123520/1‑69 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAg > 1:3323907/1‑69 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAg > 1:2759691/1‑69 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAg > 1:12458/1‑69 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAg > 1:3428663/1‑69 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAg > 1:3076477/1‑69 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAg > 1:2075059/1‑69 (MQ=255)
tCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAg > 1:2411656/1‑69 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:3263899/1‑40 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:2893124/1‑40 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:637199/1‑40 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:2616303/1‑40 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:186166/1‑40 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:2473038/1‑40 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:1235432/1‑40 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:2120617/1‑40 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGaa > 1:1047138/1‑40 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGa > 1:427608/1‑39 (MQ=255)
ttGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGcc > 1:3055954/1‑69 (MQ=255)
tCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGCGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTa < 1:898799/62‑1 (MQ=255)
gAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCa < 1:2710555/69‑1 (MQ=255)
cAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCAtt > 1:41186/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTAca > 1:980530/1‑35 (MQ=25)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:3031551/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:2146373/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:2304883/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:2317425/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:2111783/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:685568/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:2680337/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:1860519/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:3322200/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:1555381/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:1417995/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:411149/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:2201756/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:333087/1‑68 (MQ=255)
ttAACAAAAACAAATATCAACGATGTGAATTTTACACCGTTTAAATATCAGTTGCGTCCGTCATTAcc > 1:3158497/1‑68 (MQ=255)
tAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTa > 1:3079034/1‑42 (MQ=255)
aaCAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAg > 1:1418465/1‑68 (MQ=255)
|
ACTGACGTTGCGGAACTGAACGGTGAATTACGTAATCGGCAGTATCTTGTCGAGCAATTAACAAAAGCACATGTCAACGATGTGAATTTTACGCCGTTTAAATATCAGTTAAGCCCGTCATTGCCAG > minE/374015‑374141
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
