Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
374,218 |
C→T |
44.4% |
G356G (GGC→GGT) |
fepE → |
regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 374,218 | 0 | C | T | 44.4%
| 9.0
/ 31.4
| 45 | G356G (GGC→GGT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/21); new base T (13/7); total (17/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCAT > minE/374162‑374262
|
aaGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc < 1:1643709/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:1581864/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:2005316/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:1831115/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:2126589/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:1677408/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:1647099/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:1566692/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:3419460/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:3381421/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:3288909/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:1107269/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:1013/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGGGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc < 1:452306/69‑1 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:48584/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:3380544/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:2601150/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:568624/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:2154772/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:199825/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:1914665/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:758593/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:1804780/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:1783269/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:1414505/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:784838/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa > 1:1231492/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCa > 1:1604552/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCa > 1:2780478/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCa > 1:1382140/1‑68 (MQ=255)
ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCa > 1:1211858/1‑68 (MQ=255)
cggcggGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:991402/69‑1 (MQ=255)
gcggGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:3247642/67‑1 (MQ=255)
ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg < 1:3205362/45‑1 (MQ=25)
ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg < 1:2852745/45‑1 (MQ=25)
ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg < 1:2847641/45‑1 (MQ=25)
ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg < 1:581320/45‑1 (MQ=25)
ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg < 1:787255/45‑1 (MQ=25)
ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg < 1:817311/45‑1 (MQ=25)
tggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg < 1:1061059/43‑1 (MQ=25)
gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa < 1:596965/43‑1 (MQ=255)
gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa < 1:1827178/43‑1 (MQ=255)
gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa < 1:1274977/43‑1 (MQ=255)
gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa < 1:801151/43‑1 (MQ=255)
ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa < 1:2563346/41‑1 (MQ=255)
|
AAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCAT > minE/374162‑374262
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
