Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
378,404 |
A→G |
44.7% |
H403R (CAT→CGT) |
ybdA → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 378,404 | 0 | A | G | 44.7%
| 2.6
/ 28.0
| 38 | H403R (CAT→CGT) | ybdA | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/15); new base G (8/9); total (14/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACAGCGCCTTAA > minE/378348‑378467
|
ttttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTGTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGa > 1:2568933/1‑68 (MQ=255)
ttttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTGTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGAc > 1:2426735/1‑69 (MQ=255)
ttttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTGTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGAc > 1:1956612/1‑69 (MQ=255)
ttttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTGTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGAc > 1:194151/1‑69 (MQ=255)
ttttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTGTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGAc > 1:2820665/1‑69 (MQ=255)
ttttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTGTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGAc > 1:899658/1‑69 (MQ=255)
ttttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTGTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGAc > 1:90593/1‑69 (MQ=255)
ttttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTGTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGAc > 1:2778593/1‑69 (MQ=255)
tttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGTCAGAcg < 1:2202497/69‑1 (MQ=255)
tttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGAcg < 1:2390239/69‑1 (MQ=255)
tttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGAcg < 1:2960831/69‑1 (MQ=255)
tttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGAcg < 1:1051511/69‑1 (MQ=255)
ttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGGTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGAcgc > 1:1083682/1‑69 (MQ=255)
ttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGAcgc > 1:78075/1‑69 (MQ=255)
ttGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGAcgc > 1:1836564/1‑69 (MQ=255)
tgttgttgtTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCg < 1:277434/69‑1 (MQ=255)
tgttgttgtTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCg < 1:2374193/69‑1 (MQ=255)
tgttgttgtTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCg < 1:3161285/69‑1 (MQ=255)
tgttgttgtTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCg < 1:1755818/69‑1 (MQ=255)
tgttgttgtTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCg < 1:1648775/69‑1 (MQ=255)
tgttgttgtTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCg < 1:1632842/69‑1 (MQ=255)
tgttgttgtTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCg < 1:140049/69‑1 (MQ=255)
tgttgttgtTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCg < 1:1189312/69‑1 (MQ=255)
tgttgttgtTGCTGGTGCTAGTGGAGTTGCGACGTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCg < 1:2505432/69‑1 (MQ=255)
gttATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACa > 1:2124931/1‑68 (MQ=255)
gttATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACa > 1:1793337/1‑68 (MQ=255)
aTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGtt < 1:486098/68‑1 (MQ=255)
aTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGtt < 1:773096/68‑1 (MQ=255)
aTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGtt < 1:1068679/68‑1 (MQ=255)
aTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGtt < 1:2624396/68‑1 (MQ=255)
aTTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGtt < 1:2123568/68‑1 (MQ=255)
ttGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGtt < 1:1350758/67‑1 (MQ=255)
gctggtgGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTaa > 1:2605584/1‑68 (MQ=255)
gctggtgGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTaa < 1:1306486/68‑1 (MQ=255)
gctggtgGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGGCCGACAGTTAATGCTTaa < 1:2212223/68‑1 (MQ=255)
gCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGtt < 1:2173570/47‑1 (MQ=255)
gCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACAGCGCCTTaa < 1:3236270/69‑1 (MQ=255)
cATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGtt < 1:1594965/43‑1 (MQ=255)
aTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTcc > 1:3078420/1‑35 (MQ=255)
aTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTaa > 1:2809682/1‑51 (MQ=255)
aTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTaa > 1:2861389/1‑51 (MQ=255)
aTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTaa > 1:1885183/1‑51 (MQ=255)
aTTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTaa > 1:1228089/1‑51 (MQ=255)
|
TTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACAGCGCCTTAA > minE/378348‑378467
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
