Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
484,644 |
T→C |
54.7% |
D150D (GAT→GAC) |
tolB → |
periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 484,644 | 0 | T | C | 54.7%
| 10.8
/ 50.4
| 64 | D150D (GAT→GAC) | tolB | periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/10); new base C (21/14); total (40/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
ACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAG > minE/484578‑484710
|
cctTGCTCGGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatga < 1:2133346/68‑1 (MQ=255)
cctTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatga < 1:3116012/68‑1 (MQ=255)
cctTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatga < 1:2426161/68‑1 (MQ=255)
cctTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatga < 1:2921451/68‑1 (MQ=255)
cctTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatga < 1:3269608/68‑1 (MQ=255)
cctTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatga < 1:1625024/68‑1 (MQ=255)
cctTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatga < 1:3393079/68‑1 (MQ=255)
cctTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatga < 1:1341617/68‑1 (MQ=255)
tGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAg < 1:1163675/68‑1 (MQ=255)
tGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAg < 1:2966953/68‑1 (MQ=255)
tGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAg < 1:1115129/68‑1 (MQ=255)
tGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAg < 1:2872065/68‑1 (MQ=255)
tGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAg < 1:1831446/68‑1 (MQ=255)
tGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAg < 1:729683/68‑1 (MQ=255)
tGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAg < 1:1845991/68‑1 (MQ=255)
tGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAg < 1:2178829/68‑1 (MQ=255)
gCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAgga > 1:624434/1‑67 (MQ=255)
gCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAgga > 1:2814112/1‑67 (MQ=255)
gCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAgga > 1:2376265/1‑67 (MQ=255)
gCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAgga > 1:1035374/1‑67 (MQ=255)
gCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAgg > 1:941788/1‑67 (MQ=255)
tCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGaaaaa < 1:2385764/69‑1 (MQ=255)
aCAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTg < 1:243013/68‑1 (MQ=255)
aaCAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTAt > 1:2968138/1‑68 (MQ=255)
aaCAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTAt > 1:2941738/1‑68 (MQ=255)
aaCAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTAt > 1:1783469/1‑68 (MQ=255)
aaCAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTAt > 1:2328061/1‑68 (MQ=255)
aaCAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTAt > 1:101264/1‑68 (MQ=255)
aaCAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTAt > 1:2187822/1‑68 (MQ=255)
cAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGtgatga < 1:2417464/38‑1 (MQ=255)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACt > 1:2183805/1‑44 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:918482/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:3024568/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:1900007/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:3038707/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:1651069/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:3164861/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:3356674/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:2523493/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:1488387/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:251852/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:11029/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:824750/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCggt > 1:901362/1‑50 (MQ=38)
cGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCgg > 1:3050965/1‑50 (MQ=39)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:426881/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:2992004/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:2959420/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:252342/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:2151363/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:2202629/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:1842731/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:2429957/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:2549774/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:2556490/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:2602504/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGGTCCGTa < 1:715168/68‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGGTCCGTa < 1:1888/68‑1 (MQ=255)
tATGCTGGTCATACCGCCAGTGACGAAGTATTTGAAAAACTGACCGGTATTAAAGGTGCGTTCCGTa < 1:1675098/67‑1 (MQ=255)
cTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTa > 1:1636327/1‑69 (MQ=255)
cTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTa > 1:2977244/1‑69 (MQ=255)
cTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTa > 1:1706926/1‑69 (MQ=255)
cTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTa > 1:1407376/1‑69 (MQ=255)
cTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTa > 1:2295828/1‑69 (MQ=255)
cTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTa > 1:1702821/1‑69 (MQ=255)
cTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTAGTa > 1:926583/1‑69 (MQ=255)
aCCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCTGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTAc > 1:2619374/1‑69 (MQ=255)
aCCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTAc > 1:686047/1‑69 (MQ=255)
aCCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTAc > 1:1989411/1‑69 (MQ=255)
aCCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTAc > 1:827444/1‑69 (MQ=255)
aCCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTAc > 1:701161/1‑69 (MQ=255)
aCCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTAc > 1:3303067/1‑69 (MQ=255)
aCCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTAc > 1:3045102/1‑69 (MQ=255)
gatgaAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAg > 1:2586897/1‑69 (MQ=255)
|
ACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAG > minE/484578‑484710
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
