Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
521,231 |
A→C |
37.8% |
G417G (GGA→GGC) |
uvrB → |
excinulease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 521,231 | 0 | A | C | 37.8%
| 38.0
/ 66.4
| 74 | G417G (GGA→GGC) | uvrB | excinulease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/16); new base C (16/12); total (46/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAT > minE/521172‑521296
|
aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGTATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg > 1:3154794/1‑63 (MQ=255)
aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg > 1:2543399/1‑63 (MQ=255)
aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg > 1:3080969/1‑63 (MQ=255)
aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAc < 1:3092860/69‑1 (MQ=255)
aTTACGAGCTGGAAAATTCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAc > 1:3100249/1‑68 (MQ=255)
aTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAc > 1:566955/1‑68 (MQ=255)
aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:3328693/63‑1 (MQ=255)
aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:160080/63‑1 (MQ=255)
aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:2507394/63‑1 (MQ=255)
aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:2279542/63‑1 (MQ=255)
aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:1700599/1‑68 (MQ=255)
aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:1909549/1‑68 (MQ=255)
aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:1969179/1‑68 (MQ=255)
aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGAGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:584152/1‑68 (MQ=255)
cGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:2956113/62‑1 (MQ=255)
ggAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:1571880/69‑1 (MQ=255)
ggAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:2305173/69‑1 (MQ=255)
gcaaaaaTCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:2171184/67‑1 (MQ=255)
gAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:3122220/68‑1 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAg > 1:115720/1‑68 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2126507/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:1359588/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:404286/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:3328046/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:1946963/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:686778/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2789993/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:3153401/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:125427/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:716308/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:134812/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2653914/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGAATATCGAAGt > 1:3057018/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGAGCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:1837658/1‑69 (MQ=255)
aaaaTCAGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2547/1‑69 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGTTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:1353687/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:1324218/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:3284370/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2986392/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2981774/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:51957/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2967163/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2900854/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2346558/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2507004/66‑2 (MQ=255)
gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGGGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:268868/66‑2 (MQ=255)
tggtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGTCGacac < 1:6004/69‑1 (MQ=255)
tggtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGacac < 1:3177322/69‑1 (MQ=255)
gtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGt > 1:67953/1‑50 (MQ=255)
gtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAg > 1:3011972/1‑69 (MQ=255)
gtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAg > 1:314648/1‑69 (MQ=255)
gtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAg > 1:1205154/1‑69 (MQ=255)
gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:2483435/1‑69 (MQ=255)
gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:352556/1‑69 (MQ=255)
gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:3370197/1‑69 (MQ=255)
gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:2532098/1‑69 (MQ=255)
gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:2629392/1‑69 (MQ=255)
cAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGAt < 1:1251889/35‑1 (MQ=255)
cAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGAt < 1:3195979/35‑1 (MQ=255)
cAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGAt < 1:3353160/35‑1 (MQ=255)
cAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGAt < 1:2161346/35‑1 (MQ=255)
gCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGAtcttct > 1:2965984/1‑69 (MQ=255)
gCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGAtcttct > 1:309970/1‑69 (MQ=255)
gCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGAtcttct > 1:1953769/1‑69 (MQ=255)
cGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2183254/42‑2 (MQ=25)
cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:804931/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:927665/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:2947866/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:2795002/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:2121204/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:1928407/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:1407296/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:1166043/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:1162252/1‑69 (MQ=255)
|
AATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAT > minE/521172‑521296
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
