Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
545,274 |
A→G |
28.1% |
A237A (GCA→GCG) |
ybiR → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 545,274 | 0 | A | G | 28.1%
| 84.0
/ 32.7
| 78 | A237A (GCA→GCG) | ybiR | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/52); new base G (12/10); total (16/62) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-03 |
GGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTT > minE/545208‑545330
|
ggCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCa < 1:3315851/67‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCa < 1:3190069/67‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCa < 1:2440529/67‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCa < 1:698386/67‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCa < 1:819642/67‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCa < 1:1385445/67‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCa < 1:1539952/67‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCa < 1:1509978/67‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:1008595/59‑1 (MQ=38)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:3136462/59‑1 (MQ=38)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:648947/59‑1 (MQ=38)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:1987337/59‑1 (MQ=38)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:1973655/59‑1 (MQ=38)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:892462/59‑1 (MQ=38)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:1226750/59‑1 (MQ=38)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:1484158/59‑1 (MQ=38)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:1454673/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:2370841/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:2252790/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:767029/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:21207/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:2371284/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:588649/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:331488/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:1758917/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:3129756/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:3094095/69‑1 (MQ=255)
gagCTGTGGGGACTGGTGATTCTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:2167352/69‑1 (MQ=255)
agCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:1696098/58‑1 (MQ=38)
agCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:3073897/68‑1 (MQ=255)
agCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:2556381/68‑1 (MQ=255)
agCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGtgtg < 1:1693630/68‑1 (MQ=255)
gtgGGGACTGGTGCTTGTGGCGGCGGGCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTgtggt < 1:1894220/54‑1 (MQ=255)
gggACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGtggactggac > 1:942753/1‑69 (MQ=255)
gggACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGtggactggac > 1:3255209/1‑69 (MQ=255)
gggACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGtggactggac > 1:2648481/1‑69 (MQ=255)
gggACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGtggactggac > 1:1951437/1‑69 (MQ=255)
gACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgc < 1:704788/69‑1 (MQ=255)
gACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgc < 1:3254566/69‑1 (MQ=255)
gACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgc < 1:83698/69‑1 (MQ=255)
gACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgc < 1:1505223/69‑1 (MQ=255)
gACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgc < 1:2573946/69‑1 (MQ=255)
gACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgc < 1:2752313/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:1622390/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:965700/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:3197847/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:322075/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:3225699/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:380140/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:2761228/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:2510810/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:2463493/69‑1 (MQ=255)
gATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACgctgctgct < 1:204375/69‑1 (MQ=255)
tgtgGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGgt < 1:128290/69‑1 (MQ=255)
tgtgGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGgt < 1:656965/69‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:420991/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:534749/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:3410278/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:915279/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:852817/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:970600/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:2416481/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:1010979/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:1102273/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:130619/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:1346241/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:2067356/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:2071027/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:2166701/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:2377611/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:3192209/68‑1 (MQ=255)
gcggcAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGtt < 1:2788333/68‑1 (MQ=255)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGtgtg > 1:263807/2‑40 (MQ=37)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:2625811/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:655806/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:652573/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:788071/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:597288/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:1350335/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:2826880/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:931318/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:2949945/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:394094/2‑64 (MQ=39)
gggCTTTGCGCTGCTGGCGCGTCGTGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGttt > 1:2952933/2‑64 (MQ=39)
cgcTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGtt < 1:675176/67‑1 (MQ=255)
cgcTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGtt < 1:1840241/67‑1 (MQ=255)
|
GGCGCTGGAGTTCAAACAAGAGCTGTGGGGACTGGTGATTGTGGCGGCAGGCTTTGCGCTGCTGGCACGTCGCGTGGTGCTCAGTGTGGACTGGACGCTGCTGCTGGTGTTTATGGCGATGTT > minE/545208‑545330
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
