Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
597,305 |
G→T |
37.0% |
L393L (CTG→CTT) |
serS → |
seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 597,305 | 0 | G | T | 37.0%
| 72.1
/ 60.7
| 81 | L393L (CTG→CTT) | serS | seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/43); new base T (15/15); total (23/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.62e-01 |
GCCGCAGCAAGTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCGTATTG > minE/597247‑597366
|
gCCGCAGCAAGTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGt > 1:176946/1‑68 (MQ=255)
gcagcaAGTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTa < 1:810009/69‑1 (MQ=255)
gcagcaAGTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTa < 1:1722538/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACTCTGGt < 1:3406673/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:1099278/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:981948/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:599407/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:3392651/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:2109363/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:1750187/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:1625151/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:1540027/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:1488093/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:13733/69‑1 (MQ=255)
gTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:1105518/69‑1 (MQ=255)
tCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:2257469/68‑1 (MQ=255)
tCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:2521773/68‑1 (MQ=255)
cAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGt < 1:1370494/69‑1 (MQ=255)
cAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGt < 1:2091968/69‑1 (MQ=255)
cAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGt < 1:7321/69‑1 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGc > 1:392369/1‑61 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:3282018/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:1950307/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:2473121/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:2500619/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:2674143/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:2742350/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:1422290/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:1102692/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:815029/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:1861194/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:1235325/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATACACTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:894120/1‑68 (MQ=255)
aaaCCCGTCTGGTTCATAACCTGAACGGTTCTGGTCTTGc > 1:2751887/1‑40 (MQ=38)
aaaCCCGTCTGGTTCATAACCTGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATg > 1:680253/1‑68 (MQ=255)
aCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATggta < 1:1174151/69‑3 (MQ=255)
aCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGaa < 1:1148059/69‑1 (MQ=255)
aCCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGaa < 1:2856831/69‑1 (MQ=255)
tCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATcagca > 1:1375318/1‑69 (MQ=255)
tCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATcagca > 1:618487/1‑69 (MQ=255)
tCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATcagca > 1:2548091/1‑69 (MQ=255)
tCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATcagca > 1:2485705/1‑69 (MQ=255)
tCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATcagc > 1:2552474/1‑68 (MQ=255)
cATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATcagcag < 1:1544710/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:2296534/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:2047553/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:581668/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:3182323/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:595009/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:612300/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:906851/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:3085427/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:2975366/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:2859424/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:2766134/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:1815007/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:2268795/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:2605078/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:256813/69‑1 (MQ=255)
aCCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:1781209/69‑1 (MQ=255)
cccTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGaa > 1:1165437/1‑53 (MQ=255)
cccTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGaa > 1:666923/1‑53 (MQ=255)
tGAACGGTTCTGGTCTTGCTGTTGGTCGTACGCTGGt < 1:1762913/37‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCTGCAGGCTGATGGTCg < 1:2287997/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:1566226/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:1061486/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:595579/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:920846/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:188643/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:1860639/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:2670362/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:3198574/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:3173634/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:3158052/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:2736987/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:31573/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:3105868/69‑1 (MQ=255)
cGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:274381/69‑1 (MQ=255)
cGGTGCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:1869590/69‑1 (MQ=255)
ggTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCg < 1:1721155/68‑1 (MQ=255)
ggTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCGt < 1:1181771/69‑1 (MQ=255)
tctggtctggCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCt < 1:439482/57‑1 (MQ=255)
ctggtctggCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCGTATTg < 1:1193558/69‑1 (MQ=255)
ctggtctggCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCGTATTg < 1:1610073/69‑1 (MQ=255)
ctggtctggCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCGTATTg < 1:492102/69‑1 (MQ=255)
ctggtctggCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCGTATTg < 1:1129358/69‑1 (MQ=255)
tggCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGaa < 1:220593/35‑1 (MQ=255)
|
GCCGCAGCAAGTCGGACAAGAAAACCCGTCTGGTTCATACCCTGAACGGTTCTGGTCTGGCTGTTGGTCGTACGCTGGTTGCAGTAATGGAAAACTATCAGCAGGCTGATGGTCGTATTG > minE/597247‑597366
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
