Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
599,895 |
C→T |
25.9% |
N746N (AAC→AAT) |
dmsA → |
dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 599,895 | 0 | C | T | 25.9%
| 115.2
/ 34.9
| 96 | N746N (AAC→AAT) | dmsA | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/50); new base T (5/20); total (26/70) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
TCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGC > minE/599834‑599957
|
tCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCgt < 1:2983537/68‑1 (MQ=255)
tCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCgt < 1:2025734/68‑1 (MQ=255)
tCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCgt < 1:2646588/68‑1 (MQ=255)
tCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCAACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCgt < 1:146895/68‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATTATCgtgg < 1:628871/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:196244/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:3249084/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:3010901/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:1720996/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:183473/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:278713/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:2739353/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:1900345/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:855031/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:2641775/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:2608944/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:2367514/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:2260070/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:2129102/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:1281548/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:464018/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:1453496/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:453378/69‑1 (MQ=255)
cAACCCGCTTGATGCGCAAAAACGCGGTATCAGCAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAATGATCgtgg < 1:3430630/69‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGtt < 1:1280431/69‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGtt < 1:2020069/69‑1 (MQ=255)
tGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCat < 1:1688659/67‑1 (MQ=255)
tGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCat < 1:626074/67‑1 (MQ=255)
tGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCat < 1:2758658/67‑1 (MQ=255)
tGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCat < 1:327170/67‑1 (MQ=255)
tGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCat < 1:1692428/67‑1 (MQ=255)
cgGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:1527078/69‑1 (MQ=255)
ggTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:2158732/68‑1 (MQ=255)
cGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAat < 1:1602366/69‑1 (MQ=255)
cGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAat < 1:2280092/69‑1 (MQ=255)
ggCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAat < 1:3286581/68‑1 (MQ=255)
gATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAatgatg > 1:3010038/1‑69 (MQ=255)
gATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAatgatg > 1:1679371/1‑69 (MQ=255)
gATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAatgatg > 1:1680336/1‑69 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATAtt > 1:821333/1‑38 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTg > 1:2826149/1‑39 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTg > 1:2653438/1‑39 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTg > 1:669099/1‑39 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTg > 1:751037/1‑39 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTg > 1:953873/1‑39 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTg > 1:2164932/1‑39 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTg > 1:144774/1‑39 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:1043075/49‑1 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:1710823/49‑1 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:3408949/49‑1 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:1882646/49‑1 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:2556567/49‑1 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:580178/49‑1 (MQ=255)
aaGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:2644974/49‑1 (MQ=255)
aGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:2531667/44‑1 (MQ=255)
ggATCTTTAATGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTg > 1:1819793/1‑44 (MQ=255)
ggATCTTTAATGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTgg > 1:1990099/1‑69 (MQ=255)
ggATCTTTAATGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTgg > 1:1554077/1‑69 (MQ=255)
ggATCTTTAATGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTgg > 1:3342806/1‑69 (MQ=255)
ggATCTTTAATGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTgg > 1:247052/1‑69 (MQ=255)
ggATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGt < 1:3102694/43‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:1428489/69‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:1052852/69‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:2085177/69‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:239445/69‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:2403324/69‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:2458736/69‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:1871307/69‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:578025/69‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:1973106/69‑1 (MQ=255)
gATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:2006542/69‑1 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCgg > 1:2167482/1‑61 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTgg > 1:42961/1‑67 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:1301087/68‑1 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:383928/68‑1 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt > 1:708384/1‑68 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt > 1:1806367/1‑68 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt > 1:1720600/1‑68 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt > 1:182534/1‑68 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt < 1:1883941/68‑1 (MQ=255)
aTCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGt > 1:2672561/1‑68 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCg < 1:1001173/69‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCg < 1:331379/69‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCg < 1:1023416/69‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCg < 1:2219588/69‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCg < 1:2111164/69‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCg < 1:2583882/69‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCg < 1:2039471/69‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCg < 1:1552717/69‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCg < 1:1624867/69‑1 (MQ=255)
ctctAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGc > 1:1465503/4‑69 (MQ=255)
cTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTTAGGCGAAAGt < 1:1338294/39‑1 (MQ=255)
cTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGTGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGc > 1:359791/1‑69 (MQ=255)
cTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGc > 1:2993346/1‑69 (MQ=255)
aCGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGc < 1:205294/64‑1 (MQ=255)
aCGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGc < 1:317511/64‑1 (MQ=255)
|
TCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGC > minE/599834‑599957
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
