Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
636,828 |
T→C |
23.3% |
G1268G (GGT→GGC) |
mukB → |
fused chromosome partitioning proteins |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 636,828 | 0 | T | C | 23.3%
| 101.1
/ 25.6
| 81 | G1268G (GGT→GGC) | mukB | fused chromosome partitioning proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/13); new base C (17/2); total (66/15) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
ACCATTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAT > minE/636763‑636888
|
aCCATTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAg > 1:626647/1‑69 (MQ=255)
aCCATTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAg > 1:1279203/1‑69 (MQ=255)
aCCATTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAg > 1:130557/1‑69 (MQ=255)
aCCATTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAg > 1:2472690/1‑69 (MQ=255)
aCCATTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAg > 1:746191/1‑69 (MQ=255)
aCCATTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAg > 1:2052357/1‑69 (MQ=255)
aCCATTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAg > 1:416794/1‑69 (MQ=255)
aTTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg < 1:445583/69‑1 (MQ=255)
aTTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg < 1:1224953/69‑1 (MQ=255)
aTTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg < 1:2365100/69‑1 (MQ=255)
ttCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGa < 1:2590935/69‑1 (MQ=255)
ttCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGa < 1:2475989/69‑1 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:380122/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:1029336/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:2233478/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:2348912/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:2765626/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:2698400/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:1070633/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:1438010/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:1463670/1‑69 (MQ=255)
cAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAAc > 1:37871/1‑69 (MQ=255)
aGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAgcgtgc < 1:1392818/69‑1 (MQ=255)
aGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAgcgtgc < 1:3335980/69‑1 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGt > 1:2703070/1‑52 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:2994237/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:2818301/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:842471/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:2423806/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:3340352/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:1760549/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:645343/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:2583265/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:1236376/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:1142751/1‑53 (MQ=255)
aCCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTg > 1:2859181/1‑53 (MQ=255)
cAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGa < 1:65708/69‑1 (MQ=255)
cAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGa < 1:178423/69‑1 (MQ=255)
gtggTTGCAGAACGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAacgca < 1:2324041/67‑1 (MQ=255)
ggggTTGCAGAACGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAacgca < 1:209567/69‑1 (MQ=255)
tGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGcc > 1:2376107/1‑68 (MQ=255)
tGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGcc > 1:714900/1‑68 (MQ=255)
tGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCa > 1:2602740/1‑69 (MQ=255)
tGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCa > 1:1000140/1‑69 (MQ=255)
tGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCa > 1:323119/1‑69 (MQ=255)
tGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCa > 1:1604302/1‑69 (MQ=255)
tGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCa > 1:1706891/1‑69 (MQ=255)
tGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCa > 1:1828048/1‑69 (MQ=255)
tGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCa > 1:1995542/1‑69 (MQ=255)
gCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCAt < 1:3433839/69‑1 (MQ=255)
gCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCAt < 1:3373915/69‑1 (MQ=255)
cAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGa < 1:491180/56‑1 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGTCATGCtg > 1:665822/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:971496/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:374859/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:444230/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:3386944/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:921127/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:3327198/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:1429371/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:152387/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:2280454/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:2536804/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:2753598/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:28173/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:2840384/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:30678/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCtg > 1:3344189/1‑68 (MQ=255)
aaCGTATCGTTTGGCCAGGTGAACAGCGTACGTCTGAACGTGAACGTACGTGAAACGCACGCCATGCt > 1:2598300/1‑68 (MQ=255)
gTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTg < 1:2710583/69‑1 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACTTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:2034366/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:400830/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:2912774/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:2701611/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:507706/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:2532771/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:3287140/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:2178640/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:771969/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:1731215/1‑69 (MQ=255)
tCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAt > 1:3427327/1‑69 (MQ=255)
|
ACCATTCAGCGCGAGCAGAACCGTATCCGTATGCTCAACCAGGGGTTGCAGAACGTATCGTTTGGTCAGGTGAACAGCGTGCGTCTCAACGTGAACGTGCGTGAAACGCACGCCATGCTACTGGAT > minE/636763‑636888
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
