Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,000,091 |
A→T |
52.8% |
G147G (GGA→GGT) |
ydgD → |
predicted peptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,000,091 | 0 | A | T | 52.8%
| 4.3
/ 84.7
| 72 | G147G (GGA→GGT) | ydgD | predicted peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/14); new base T (20/18); total (40/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.53e-01 |
GGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGC > minE/1000044‑1000156
|
ggggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:3333643/69‑1 (MQ=255)
ggggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:2562787/69‑1 (MQ=255)
ggggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:1116309/69‑1 (MQ=255)
ggggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:1649824/69‑1 (MQ=255)
gggATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATccc < 1:991033/68‑1 (MQ=255)
gATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGga > 1:1057692/1‑45 (MQ=255)
gATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCt > 1:2039524/1‑69 (MQ=255)
gATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCt > 1:3408042/1‑69 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCTCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2470480/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:3209294/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2468113/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2151699/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2503445/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:2855979/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:1635646/68‑1 (MQ=255)
aTTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCAt < 1:601794/68‑1 (MQ=255)
gCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAAt > 1:865775/1‑42 (MQ=255)
gCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACgccgttgcc > 1:323759/1‑68 (MQ=255)
gCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACgccgttgcc > 1:714552/1‑68 (MQ=255)
gCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACgccgttgcc > 1:2388710/1‑68 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATGCCCCTTCTGGCATTACaccgttggcgt < 1:3043350/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:3253849/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:2949195/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:2893883/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:3380442/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:2704333/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:682440/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1047188/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1307217/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:2413095/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1809402/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1493031/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1817487/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1311401/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1853826/69‑1 (MQ=255)
cAGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:1900307/69‑1 (MQ=255)
cAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACgccgttgccgt < 1:3380790/69‑1 (MQ=255)
aGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACagcgttgccgt < 1:3062571/68‑1 (MQ=255)
aGCTGCGCCCTGGGACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgt < 1:3406753/68‑1 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACaccgttgccgtt > 1:850010/1‑58 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGgag > 1:975871/1‑69 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:78540/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:84817/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:702432/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:885340/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:951816/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:480083/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:1521753/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:338921/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:1523966/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:1078530/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:3281983/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:2694657/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:2731480/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:2907062/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:3159891/1‑68 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCACCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAgggg > 1:3288904/1‑67 (MQ=255)
gggACTTCGGTTTGATTGTGCTACGTAATCACCCTACTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:1281793/1‑68 (MQ=255)
gggACTTAGGTTTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACACCGTTGCCGTTATTTGAGGga > 1:699884/1‑68 (MQ=255)
ggACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGgag > 1:481478/1‑68 (MQ=255)
ggACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGgag > 1:2692543/1‑68 (MQ=255)
cTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGa > 1:3200704/1‑60 (MQ=255)
cTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATaa > 1:2758278/1‑69 (MQ=255)
cTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATaa > 1:1082441/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGc > 1:1321796/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGc > 1:344825/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGc > 1:3209992/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGc > 1:1157912/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGc > 1:1907999/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGc > 1:1311130/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGc > 1:1639850/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGc > 1:979896/1‑69 (MQ=255)
cGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGc > 1:2061498/1‑69 (MQ=255)
|
GGGGATGGTTGGATTGTACCTCCCGCAGCCGCGCCGTGGGACTTCGGATTGATTGTGCTACGTAATCCCCCTTCTGGCATTACGCCGTTGCCGTTATTTGAGGGAGATAAAGC > minE/1000044‑1000156
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
