Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,041,335 |
C→T |
31.3% |
Y292Y (TAC→TAT) |
ydgR → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,041,335 | 0 | C | T | 31.3%
| 97.5
/ 50.7
| 105 | Y292Y (TAC→TAT) | ydgR | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/36); new base T (22/11); total (58/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCTGCGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTC > minE/1041267‑1041393
|
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:587799/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:2856972/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:2046215/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:2764774/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:822471/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:577255/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:466164/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:2343487/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:1479099/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:671389/69‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:1296846/69‑1 (MQ=255)
gcgcGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGATCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:2290230/66‑1 (MQ=255)
cgtcgtAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCa < 1:2479397/68‑1 (MQ=255)
cgtcgtAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCa < 1:1635239/68‑1 (MQ=255)
cgtcgtAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCa < 1:2638733/68‑1 (MQ=255)
cgtcgtAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAg > 1:511933/1‑69 (MQ=255)
tcgtAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGAt < 1:3284598/69‑1 (MQ=255)
tcgtAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGAt < 1:1285661/69‑1 (MQ=255)
cgtAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGAt < 1:1952002/68‑1 (MQ=255)
aaaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGcc < 1:1143906/68‑1 (MQ=255)
aaaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGcc < 1:770766/68‑1 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGTTGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:3378929/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:2646858/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:2003462/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:2836576/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:2086409/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:62524/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:2127143/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:2160443/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:3258369/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:660557/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:506165/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:69027/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:1073555/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:872712/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:488901/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:419532/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:1385428/1‑69 (MQ=255)
aaaTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCaa > 1:1448199/1‑69 (MQ=255)
aTGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTAc < 1:323408/54‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:3370235/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:1018823/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:3066376/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:1077270/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:427704/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:852100/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:1805260/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:851707/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:1570145/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:2184456/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTAGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:1505629/69‑1 (MQ=255)
tGATCGTAGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGt < 1:1224595/69‑1 (MQ=255)
catcatGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:3318895/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCa > 1:3155741/1‑45 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:1556174/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:2677510/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:383837/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:2724112/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:1761683/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:1551455/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:2048293/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:1027968/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTc > 1:1976224/1‑57 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:765247/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:1862718/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:1011591/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:114196/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:1173192/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:866885/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:1850370/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:2805600/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:2261458/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:2496219/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:252031/1‑69 (MQ=255)
cATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActtctt > 1:2694789/1‑69 (MQ=255)
gCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAActt > 1:1774037/1‑57 (MQ=255)
gCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTc > 1:2203098/1‑68 (MQ=255)
gCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTc > 1:1728032/1‑68 (MQ=255)
gCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTc > 1:1268969/1‑68 (MQ=255)
ccATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTg < 1:2608087/69‑1 (MQ=255)
ccATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTg < 1:514928/69‑1 (MQ=255)
ccATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTg < 1:3260887/69‑1 (MQ=255)
ccATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTg < 1:11108/69‑1 (MQ=255)
ccATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTg < 1:1545820/69‑1 (MQ=255)
ccATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTg < 1:2143668/69‑1 (MQ=255)
ccATTATCTTCTTCGTGCTTTATAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTg < 1:2158917/69‑1 (MQ=255)
ccATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTg > 1:909949/1‑69 (MQ=255)
ccATTATCTTCTTCGTGCCTTATAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTg < 1:1001607/69‑1 (MQ=38)
aTCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCAGTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCAc > 1:3113726/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCAc > 1:2631087/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCAc > 1:2622719/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCAc > 1:1238106/1‑69 (MQ=255)
tcGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTcc < 1:2119402/65‑1 (MQ=255)
tcGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTcc < 1:1641572/65‑1 (MQ=255)
tcGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTcc < 1:863496/65‑1 (MQ=255)
tcGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTcc < 1:3396596/65‑1 (MQ=255)
tcGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTcc < 1:900423/65‑1 (MQ=255)
tcGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCAt < 1:2993755/67‑1 (MQ=255)
tcGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTc > 1:2744447/1‑69 (MQ=255)
tcGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTCAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCa < 1:566595/66‑1 (MQ=255)
|
GCTGCGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGCTCGAAGCCATTATCTTCTTCGTGCTGTACAGCCAGATGCCAACGTCACTGAACTTCTTTGCGATTCGTAACGTTGAGCACTCCATTC > minE/1041267‑1041393
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
