Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,068,429 G→A 55.2% V276V (GTG→GTA)  ydhC → predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,068,4290GA55.2% 10.1 / 53.4 67V276V (GTG→GTA) ydhCpredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (11/19);  new base A (15/22);  total (26/41)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.05e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01

CAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGG  >  minE/1068402‑1068490
                           |                                                             
caagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTTCGGGCtt                      <  1:2597296/69‑1 (MQ=255)
caagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      <  1:1064807/69‑1 (MQ=255)
caagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      <  1:1339701/69‑1 (MQ=255)
caagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      <  1:810249/69‑1 (MQ=255)
caagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      <  1:3422846/69‑1 (MQ=255)
caagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      <  1:3052488/69‑1 (MQ=255)
caagCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      <  1:964502/69‑1 (MQ=255)
       ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGc               <  1:1096095/69‑1 (MQ=255)
       ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGc               <  1:2891874/69‑1 (MQ=255)
       ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGc               <  1:2912172/69‑1 (MQ=255)
       ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGc               <  1:2363988/69‑1 (MQ=255)
       ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGc               <  1:2288188/69‑1 (MQ=255)
       ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGc               <  1:3042087/69‑1 (MQ=255)
       ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGc               <  1:375205/69‑1 (MQ=255)
       ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGc               <  1:1519287/69‑1 (MQ=255)
       ttattaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGc               <  1:1379461/69‑1 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      <  1:3106632/60‑1 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      <  1:3392191/60‑1 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      <  1:968395/60‑1 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCa             >  1:3143909/1‑69 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCa             >  1:1476923/1‑69 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:3325239/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:309611/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:2989320/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:2964675/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:618198/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:490862/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:504006/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:161022/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:161979/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:803116/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:2204291/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:205281/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:856827/1‑36 (MQ=255)
         attaCCGTGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:1808045/1‑36 (MQ=255)
         attaCC‑TGGTTGCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGt                                              >  1:2140621/1‑35 (MQ=25)
                  gTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCt    >  1:2085171/1‑69 (MQ=255)
                    tGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCTTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      >  1:374380/1‑49 (MQ=255)
                    tGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGCCCTGGGCTGCGGGCtt                      >  1:1657756/1‑49 (MQ=255)
                    tGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      >  1:664652/1‑49 (MQ=255)
                    tGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      >  1:955579/1‑49 (MQ=255)
                    tGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      >  1:614103/1‑49 (MQ=255)
                    tGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      >  1:2994208/1‑49 (MQ=255)
                    tGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCtt                      >  1:1272440/1‑49 (MQ=255)
                    tGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGAACTGGGCTGCGGGCtt                      >  1:2491264/1‑49 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTTCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:450212/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:601345/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:620666/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:997135/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:916042/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:716262/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:619413/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:472925/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:3288216/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:2925087/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:2776090/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:2537333/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:2502955/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:2500114/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:2467065/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:214450/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:1955657/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:1856884/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:1780058/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:171948/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:1640201/68‑1 (MQ=255)
                     gCTGGTACTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTgg  <  1:1225163/68‑1 (MQ=255)
                           |                                                             
CAAGCAGTTATTACCGTGGTTGCTGGTGCTGTTTGCTGTCAGCGTCATTGCGACCTGGGCTGCGGGCTTCATTAGCCATGTGTCGCTGG  >  minE/1068402‑1068490

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A