Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,174,394 |
G→A |
74.1% |
N86N (AAC→AAT) |
topB ← |
DNA topoisomerase III |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,174,394 | 0 | G | A | 74.1%
| 86.3
/ 28.4
| 77 | N86N (AAC→AAT) | topB | DNA topoisomerase III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/18); new base A (15/42); total (17/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 |
GCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGG > minE/1174327‑1174444
|
gCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACg > 1:3135447/1‑68 (MQ=255)
gCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACg > 1:2412444/1‑68 (MQ=255)
gCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACg > 1:1980062/1‑68 (MQ=255)
gCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACg > 1:1925436/1‑68 (MQ=255)
gCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGGTTGATGACg > 1:1016996/1‑68 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:2353042/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:906449/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:771364/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:3201603/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:3041186/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:2769452/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:2470088/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:1947545/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:174786/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:1199846/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:1086947/69‑1 (MQ=255)
gATCCGGGTCTCCGACGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:831009/69‑1 (MQ=255)
aTCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:1575924/68‑1 (MQ=255)
aTCCGGGTCTCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAgttgtt < 1:1101574/68‑1 (MQ=255)
tCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACg < 1:1862382/69‑1 (MQ=255)
ccccGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACg < 1:2897281/68‑1 (MQ=255)
cGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGc < 1:3383751/68‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:1271142/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:2784445/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:2849033/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:2716038/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:1315614/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:2903117/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:2508816/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:2104709/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:1505487/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:965513/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:1710110/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:568514/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:621630/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:899957/69‑1 (MQ=255)
aTTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt < 1:1793387/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACTGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:1936823/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGt > 1:1979925/1‑53 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGc > 1:1259539/1‑59 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt > 1:2852130/1‑62 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:992034/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:869289/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:670595/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:635014/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:3354865/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:3428164/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:340792/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:2444432/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:1526376/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:1995488/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:202839/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:2117965/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:1890903/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:356672/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:1889519/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:1147419/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:2105569/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:2163759/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:1326948/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGc < 1:24348/68‑1 (MQ=255)
tGGCTTCATGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGCGCTGTAATTGc > 1:2945658/1‑68 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1833679/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1585634/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1852160/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1771559/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1560293/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1605011/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1599590/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:632908/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1913468/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:55894/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1417048/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:3203168/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:2990708/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:2283789/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:1008325/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:235572/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:284063/68‑1 (MQ=255)
tGCAGGAAGTGTTTGATGACATTAAGTTGTTTAGTCACGGAGGGGCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc < 1:282294/68‑1 (MQ=255)
cAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCgg > 1:989616/1‑69 (MQ=255)
cAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTCTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCgg > 1:1804679/1‑69 (MQ=255)
|
GCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGG > minE/1174327‑1174444
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
