Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,209,598 |
A→G |
41.1% |
intergenic (+423/‑6) |
yobD → / → yebN |
conserved inner membrane protein/conserved inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,209,598 | 0 | A | G | 41.1%
| 59.7
/ 119.3
| 158 | intergenic (+423/‑6) | yobD/yebN | conserved inner membrane protein/conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/61); new base G (23/42); total (55/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GTTCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATC > minE/1209538‑1209665
|
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:334909/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1962176/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:468486/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:2019452/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:204109/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:2776990/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1792557/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1691133/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:384246/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1472854/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:3089628/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:3275529/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:3287235/69‑1 (MQ=255)
gttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:2562835/69‑1 (MQ=255)
ttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:1151586/68‑1 (MQ=255)
cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTg > 1:1287436/1‑68 (MQ=255)
cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:2653794/1‑69 (MQ=255)
cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:263709/1‑69 (MQ=255)
cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:2742884/1‑69 (MQ=255)
cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:1472255/1‑69 (MQ=255)
cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:1369512/1‑69 (MQ=255)
cATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc > 1:898981/1‑69 (MQ=255)
tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:650921/68‑1 (MQ=255)
tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg > 1:211073/1‑52 (MQ=255)
tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg > 1:255474/1‑52 (MQ=255)
tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg > 1:3422309/1‑52 (MQ=255)
tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:2633642/68‑1 (MQ=255)
tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:1381278/68‑1 (MQ=255)
tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:895544/68‑1 (MQ=255)
tGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:3022458/68‑1 (MQ=255)
tggtggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc < 1:218362/68‑1 (MQ=255)
tGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc < 1:1880830/68‑1 (MQ=255)
tGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc < 1:2412205/68‑1 (MQ=255)
tGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc < 1:680843/68‑1 (MQ=255)
gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGttctt < 1:51368/69‑1 (MQ=255)
gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGttctt < 1:3172593/69‑1 (MQ=255)
gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGttctt < 1:190505/69‑1 (MQ=255)
gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGttctt < 1:2809492/69‑1 (MQ=255)
gCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATg < 1:2826160/44‑1 (MQ=255)
gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGaa > 1:2752058/1‑41 (MQ=255)
gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGaa > 1:778767/1‑41 (MQ=255)
gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGaa > 1:1147333/1‑41 (MQ=255)
gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGaa > 1:2571525/1‑41 (MQ=255)
gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCg > 1:2380291/1‑66 (MQ=255)
gatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCg > 1:1190527/1‑66 (MQ=255)
gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTgg < 1:2119220/68‑1 (MQ=255)
gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTgg < 1:2680614/68‑1 (MQ=255)
gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGt < 1:1061512/69‑1 (MQ=255)
gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGt < 1:2683417/69‑1 (MQ=255)
gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGt < 1:2173706/69‑1 (MQ=255)
gtgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGt < 1:1468958/69‑1 (MQ=255)
ttttATGGATACGCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttct > 1:3304056/1‑53 (MQ=255)
ttttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttct > 1:548547/1‑53 (MQ=255)
ttttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttct > 1:2302761/1‑53 (MQ=255)
ttttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttc > 1:3427676/1‑52 (MQ=255)
ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2250641/69‑1 (MQ=255)
ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:197703/69‑1 (MQ=255)
ggATACCCCGGTCAGGACGTTGTCATGAATAGCACTGATACTGttctt < 1:2644474/48‑1 (MQ=255)
ccccGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGc < 1:1190435/69‑1 (MQ=255)
ccGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCa < 1:456265/68‑1 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:244676/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:129431/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:1402755/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:3424893/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:1459649/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:686409/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:2085160/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:2233012/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:266666/1‑58 (MQ=255)
cGGTCAGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:2437976/1‑58 (MQ=255)
tCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1450804/54‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATTAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:805501/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:388776/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:434667/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:767188/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:647054/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:993091/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:3249693/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:156826/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1691034/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1810443/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1857397/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:223043/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2311135/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:1408672/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2606158/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2927998/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2964259/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:2966579/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:3309789/52‑1 (MQ=255)
aGGACGTTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:3125524/52‑1 (MQ=255)
cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:1215238/69‑1 (MQ=255)
cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:941403/69‑1 (MQ=255)
cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:969840/69‑1 (MQ=255)
cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:1065999/69‑1 (MQ=255)
cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:2378199/69‑1 (MQ=255)
cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:2719878/69‑1 (MQ=255)
cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:495381/69‑1 (MQ=255)
cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:2788448/69‑1 (MQ=255)
cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATc < 1:2999149/69‑1 (MQ=255)
|
GTTCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATC > minE/1209538‑1209665
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
