Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,251,909 |
C→A |
56.7% |
V53V (GTG→GTT) ‡ |
yebC ← |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,251,909 | 0 | C | A | 56.7%
| 16.3
/ 97.6
| 90 | V53V (GTG→GTT) ‡ | yebC | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/10); new base A (19/32); total (48/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCACGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTACC > minE/1251850‑1251972
|
ccacGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCcgca > 1:348411/1‑69 (MQ=255)
ccacGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCcgca > 1:1598616/1‑69 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:30262/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1892451/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2124761/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2213973/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2266266/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2630888/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2833274/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2974008/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:873891/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:972024/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3117888/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3220257/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3377559/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3415938/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:423971/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:450379/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:762840/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:800797/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1825922/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:158898/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1447811/69‑1 (MQ=255)
cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1353737/69‑1 (MQ=255)
tgtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCgg < 1:3125061/69‑1 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:899554/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:2694294/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:909245/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:2339807/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:1356007/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:3364231/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:827668/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:903536/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:219785/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:432935/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:2046249/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:816945/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:643748/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:729969/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:1118746/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:1905429/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:781396/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGAGTCCgg > 1:2828919/1‑68 (MQ=255)
gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGAACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:704477/1‑68 (MQ=255)
gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:3372426/69‑1 (MQ=255)
gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1360946/69‑1 (MQ=255)
gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1620401/69‑1 (MQ=255)
gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1911154/69‑1 (MQ=255)
gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:2469076/69‑1 (MQ=255)
gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:2830051/69‑1 (MQ=255)
gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1785644/69‑1 (MQ=255)
gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:2278551/69‑1 (MQ=255)
tCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1506055/68‑1 (MQ=255)
ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCa > 1:938621/1‑67 (MQ=255)
ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAg > 1:2594662/1‑68 (MQ=255)
ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAg > 1:1790920/1‑68 (MQ=255)
ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAg > 1:1972095/1‑68 (MQ=255)
ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAg > 1:479738/1‑68 (MQ=255)
cAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3283206/37‑1 (MQ=12)
aGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcgcg > 1:895889/1‑69 (MQ=255)
aGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcgcg > 1:223596/1‑69 (MQ=255)
aGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcgcg > 1:58265/1‑69 (MQ=255)
aGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcgcg > 1:1032105/1‑69 (MQ=255)
aGTGCTTTATCCACCGCC‑CACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCAc > 1:1291371/1‑51 (MQ=255)
tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:1170533/1‑69 (MQ=255)
tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2303773/1‑69 (MQ=255)
tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2022595/1‑69 (MQ=255)
tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2018713/1‑69 (MQ=255)
tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2004987/1‑69 (MQ=255)
tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2515366/1‑69 (MQ=255)
tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:786126/1‑69 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACTCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:165951/1‑68 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcg > 1:3334156/1‑63 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:91328/1‑68 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:883969/1‑68 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:867441/1‑68 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:2726323/1‑68 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:1831167/1‑68 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:1301022/1‑68 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:1155020/1‑68 (MQ=255)
cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:1037945/1‑67 (MQ=255)
ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:627135/69‑1 (MQ=255)
ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:358414/69‑1 (MQ=255)
ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:3046589/69‑1 (MQ=255)
ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:3016421/69‑1 (MQ=255)
ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:243534/69‑1 (MQ=255)
ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:231642/69‑1 (MQ=255)
ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:1738050/69‑1 (MQ=255)
ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:1640025/69‑1 (MQ=255)
ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:916561/69‑1 (MQ=255)
|
CCACGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTACC > minE/1251850‑1251972
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
